在日本的教育体系中，一本、二本和三本的主要区别主要体现在入取批次和学费上。一本通常指的是公立本科院校，其入学机会可能较为有限，学费相对较低。二本院校则多数为公立，但也有部分为私立，学费介于一本和三本之间。而三本院校主要为私立，其学费通常较高。
虽然都属于本科阶段，但学校的性质和资源分配有所不同。一本作为公立教育的代表，教育资源丰富，学费便宜，是学生优先选择的目标。二本院校则在公立和私立之间，既有优质的公立学校，也有部分学费较高的私立院校。至于三本，由于主要是民办，学费负担可能会更大，但私立院校也可能提供独特的课程和教学体验。
需要注意的是，学费的具体差异需要根据院校的实际情况进行分析，不能一概而论。在选择学校时，学生不仅要考虑学费，还要考虑学校的教学质量、专业设置、地理位置等因素。总的来说，一本、二本、三本虽然有学费上的梯度，但所有获得的本科学历都是国家认可的，同等重要。