第1个回答 2013-09-02
你是说主线剧情吧，如果要我说，主线剧情。（按伪集数）就是在504集赤井秀一疑似死亡，新人物冲矢昴登场(疑似赤井秀一假扮），新组织成员波本（安室透）登场（调查赤井秀一是否真正死亡），在漆黑特快系列说出身份（想炸死灰原)。
下面是按官方的集数整理出来的。
507-508
本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。
水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本。
509
工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小，他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？
521到523
工藤新一第三次恢复。小兰哭了。
578-581
疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条，此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，但伤疤男未发现他。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。（我个人认为其实伤疤赤井秀一由波本假扮）（冲矢昴称黑衣组织为笨狼,在497集也说过黑色组织是野狼。还说”毕竟是很久以前认识的，不可能认错，应该是指伤疤赤井秀一）赤井秀一为诸星大，和波本极为不对头。
616-621
系列，新一像兰表白。
646-651
世良真纯登场，并转入帝丹高中；之后在柯南平次侦探对决中，茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
之后便是世良真纯对冲矢昴和哀很感兴趣并且原先就对新一很了解，安室透自愿成为毛利小五郎的徒弟，冲矢昴的脖子上有问题，在690-691证明虽无异样但没说话，并且在世良等人走后手里拿着木梳（本人怀疑为工藤有希子再为真正的冲矢昴掩盖身份，冲矢昴不会变声，跟工藤有希子一样。不变声说话就露馅了。脖子上应该有变声器）灰原哀感觉冲矢昴神出鬼没，再后来怀疑冲矢昴是诸星大，冲矢昴对灰原哀说”不要露出那种表情，再往前就是我的领域了，我会保护你的，公主“三句很有深意的话。
699-700
安室透（波本）通过监视博士家知道灰原哀要登上9漆黑的特快火车）之后便是漆黑的特快系列，怪盗基德，安室透，工藤有希子，世良，都登场了，这里有几个要注意的，
1，安室透承认自己是波本。
2，冲矢昴对工藤有希子称咱们是己方(自己人）。
3，车上的伤疤赤井秀一为贝尔摩得假扮。（看贝尔摩得发的短信知道原先的伤疤赤井秀一为波本假扮）。
4，怪盗基德假扮长大后的灰原哀（雪莉）
5，冲矢昴透出和赤井秀一一样的眼神。
6，世良真纯称（伤疤赤井秀一）为哥哥