金灭辽以后，原辽朝境内的居民大部分都投降了金朝。但辽宗室耶律大石则率领一小部分臣民穿过大漠，在西北地区重建辽国，史称“西辽”，西辽的契丹人和汉人都非常少，大部分人口是当地的各种突厥语部落（包括后来窃国的乃蛮人），以及从中西亚迁入的穆斯林。在西辽统治后期，契丹人通过文化和血统、很快就与这些突厥语居民融合，还有的改信了伊斯兰教，不然西辽臣民也不会把皇位拱手让给一个乃蛮人屈出律。。蒙古灭西辽的时候，西北几乎已经见不到一个真正的契丹人了。
而降金的契丹人较为优待。尤其是军队当中， 仍有大量的契丹士兵和契丹将领，继续效忠大金王朝；金朝在东北边境驻扎的戍边精兵“乣军”，也是直接继承辽朝遗留下来的建制，官兵几乎都为久经沙场的契丹人。。但另一方面，金朝又试图废除契丹文化，将契丹人女真化，比如废除契丹文，以及把契丹和奚人的两大姓耶律氏、萧氏分别改为女真语读音的移剌氏、石抹氏
这一局面一直持续到蒙古攻金以后，由于这时金廷内部忙于争权夺势，朝政混乱腐败，主力军队御敌不力。遂有大批契丹人投靠蒙古，有些还恢复了过去的耶律姓、萧姓。其中汉化的契丹文官耶律楚材，还有上面所提到的“乣军”，就是其中之一。
元朝统一整个中国以后，把中国境内的民族划分为蒙古人、色目人、汉人、南人四等，其中这里的“汉人”指的是原金朝统治区内的居民，也包括了契丹人、女真人、渤海人、奚人等。由于金朝中后期，居于关内的女真人等少数民族早已全盘接受了汉文化，后期有些皇帝和女真大臣甚至都只会说汉语。元朝此举更是加速了他们的汉化程序，到了元末，关内的契丹人已经完全成为了汉人的一部分。。但元军当中仍有成建制的契丹人和女真人部队，今天的云南有一个蒋姓汉族村落，宗祠竟然供奉著耶律阿保机的牌位，相传他们的祖先就是元代移防至此的一支契丹人部队
还有一些居于关外的契丹人，被认为是今天达斡尔族的祖先。他们则和关外的女真三部一样，继续保持森林游牧生活，但语言接近蒙古语；大多散居在大兴安岭和嫩江流域。。努尔哈赤征服此地以后，将他们和鄂温克人一起编入满八旗之中，并且都属于正黄、镶黄、正白的“上三旗”，至此这些契丹人后裔又进入了满洲化的阶段。清朝末代皇后郭布罗·婉容，便是达斡尔族。乾隆皇帝钦定的《八旗姓氏通谱》和《辽史语解》在正史当中第一次提到了“达呼尔”的说法，认为达呼尔是契丹古八部之一大贺氏的音译，这个“达呼尔”就是“达斡尔”的另一种译音。。如今随着DNA技术的发展，达斡尔人是契丹后裔的说法，已得到了科学上的证实。