我国的医疗保险制度虽然在一定程度上保障了人民的医疗需求，但依然存在一些深层次问题，这些问题严重制约了经济体制改革的进程。
首先，制度设计上的壁垒导致了劳动就业的不公平。不同的职业、所有制和地域的劳动者享受不同的医疗待遇，这在一定程度上限制了人们的医疗消费需求和就业选择自由。这种以职务定待遇的制度，实际上造成了职业歧视，背离了职业平等的原则，强化了就业的不平等性。
其次，政府与企业的社会管理角色混淆。在市场经济国家，政府应主导社会保障体系，而我国的医疗保险制度由于资金来源多样，导致机关、企事业单位自行承担医疗，这不仅加重了单位负担，也与企业的发展目标相悖，影响了市场的公平竞争。
再者，医疗保险资源分布严重失衡。城市与农村、医疗设施在不同地区间的差距巨大，优质的医疗资源主要集中在大城市，农村地区则严重缺乏。这种供需不均导致了看病难、医疗费用负担不均的问题，影响了劳动力的生产和再生产。
此外，医疗费用的不合理增长和“免费搭车”现象也是一大问题。城镇职工的医疗保险虽然费用低廉，但消费无节制，导致医疗资源浪费和医患道德滑坡。据统计，不合理的医疗费用占总费用的20%以上，增长速度远超财政收入，引发了深层次的社会问题。
最后，医疗保险覆盖面的局限性影响了社会公平。现行制度未能覆盖非公有制企业的职工，使这部分人群在医疗保障上处于弱势，不利于劳动结构的调整和非公有制经济的发展。
医疗保险制度是指一个国家或地区按照保险原则为解决居民防病治病问题而筹集、分配和使用医疗保险基金的制度。它是居民医疗保健事业的有效筹资机制，是构成社会保险制度的一种比较进步的制度，也是目前世界上应用相当普遍的一种卫生费用管理模式。