2006年，在各专业学科带头人和全院职工的共同努力下，科研工作取得了显著成绩。全年，为加强科研管理工作，医院制定了学科建设纲要、完善了科技论文管理规定、科研立项及成果管理制度、科研经费使用管理制度和科研奖惩条例，健全了科研管理的制度体系。加强了对各级各类课题的进度管理，对已结题和尚未完成的课题进行了核查，要求定期填写结题和课题进展情况报告书，保证课题按时高质量的完成，提高科研经费的使用效率。配合医学院申博增硕工作，完成了3个学科申报博士点，5个学科专业申报硕士点的准备工作。完善了继续医学教育管理工作，申报自治区继教33次，共组织开展继续医学教育活动项目31次，全院各级各类受教育人员4039人次。完成了人事厅、卫生厅组织的继续医学教育公共课、专业课考试和同期验证工作。
2006年，医院科研总投入219万元，申请到院外科研资金144万元，申请到普外科和神经外科专项学科建设基金150万元，院内安排博士启动基金5项，共计30万元；获得国家自然科学基金项目1项；教育部春晖计划科研项目2项；内蒙古自治区自然科学基金项目5项；内蒙古自治区卫生厅课题12项；内蒙古自治区教育厅课题9项；内蒙古医学院重大科研项目5项；内蒙古医学院青年科研基金项目3项；内蒙古医学院蒙药现代化研究重大科技项目1项；呼市科技局科研项目2项，内蒙古人才开发基金项目1项。配合卫生厅资助领先、重点学科的工作，医院2006年投入14万元，用于资助5个领先学科、4个重点学科的发展。全年，通过专家鉴定的课题8项，其中获自治区科技进步二等奖1项，三等奖1项；获内蒙古医学会科学技术进步二等奖2项，三等奖5项；获呼和浩特市科学技术进步二等奖1项，大多项目在自治区内推广使用。2006年，医院获得国家专利2项。参加全国国家级一类会议96人次；以内蒙古医学院附属医院为第一作者单位发表各级各类文章359篇，其中中华系列期刊17篇，国家级核心期刊120篇。到2006年医院已争取到自治区28个专业学术委员会的主任委员和副主任委员，全国各专业学会委员25人，全国性和自治区级杂志编委78人。
