甘南县供销合作社设有多个内设机构，各司其职，共同推动业务运营和发展。
首先，机关办公室承担着综合协调和督促检查政务事务的重任，包括秘书事务、网络管理、信息宣传等，确保政务公开和后勤保障的顺利进行。此外，还负责机关规范性文件的审核、重要文件起草和调研，以及干部教育培训和离退休干部管理工作，精神文明、宣传、组织党建和工会活动的组织工作。
干部科主要负责落实国家和省市的工资、津贴补贴政策，处理机关事业单位工作人员的工资变动、福利、退休审批等事务。同时，他们还负责技术工的岗位聘任，以及丧葬费、抚恤金等福利补助的审批，同时处理企业下岗职工的政策落实和相关信访工作。
财会科是合作社的财务核心，负责编制会计预决算，参与制定财务管理制度，汇总编制并监督各项经费预算执行。他们还负责机关工资发放、日常财务收支和账务处理，确保财务工作的规范和透明。
最后，业务科专注于再生资源管理、协会工作和政策宣传，确保市场的规范运行。他们负责供销系统的购销业务、专业合作社建设和农村经纪人的发展，以及“万村千乡市场工程”和“新网工程”的实施，同时保障企业安全和省社目标考核的完成。