石柱土家族自治县的行政区划历经多次调整。1997年，该自治县占地3013平方千米，人口47.8万，下辖4个镇和50个乡，县政府驻南宾镇。其历史可追溯至1913年的石砫县，以石潼关、砫蒲关的首字命名，县内有石砫山。1959年改名为石柱县，1983年升级为自治县。
1999年，凤凰乡政府驻地迁至高岗院村，大歇乡部分区域划归凤凰乡，调整后，凤凰乡面积49.57平方千米，人口6817人，下辖10个村委会；大歇乡则扩增至39.36平方千米，人口18003人，17个村委会。2000年，县内行政区域进一步细化，辖4个镇和54个乡，人口总数484,876人，包括多个乡级行政区划。
2001年，重庆市人民政府批准石柱土家族自治县进行大规模的乡镇重组，共撤销58个乡镇，保留11个乡，新设12个镇和9个乡，乡镇面积和人口均有所增长。2002年，木坪乡更名为龙潭乡，自治县辖12个镇、20个乡，人口达到51.11万人，其中非农业人口6.46万人。
2004年，冷水乡政府驻地迁至菜子坝。到2008年，自治县行政区划为12个镇和20个乡，直至2009年，乡改镇的举措使自治县辖17个镇和15个乡，最终在2009年设立新的三河镇、桥头镇、万朝镇和大歇镇，同时撤销原有乡镇，县人民政府仍驻南宾镇。
石柱土家族自治县简称石柱县，位于重庆市东部、长江南岸、三峡库区腹心，是集少数民族自治县、三峡库区淹没县、国家扶贫工作重点县于一体的特殊县份。幅员面积3012平方公里，辖32个乡镇，总人口54万人。从唐武德二年（公元619年）开始建县，因县城南宾镇东部万寿山上有一对巨石酷似少男少女、分别称“男女石柱”而得名。