——戒学、俱舍、唯识、中观
四川尼众佛学院本着佛陀说法之次第而建立了戒学、俱舍、唯识、中观之教学体系，故佛学院课程的设置便是围绕这一体系，循序渐进，由浅入深，先易后难的次第而进行。
其中戒学自成一系，宗门所心地无非为戒。因为戒是调伏身心，规范行为之准绳则断烦恼，证菩提之根本，是众学之基，三学之首。对学僧而言，则要求行住坐卧，循规蹈矩，如法如律，学佛行仪。使粗俗不堪的言行得以规范；使烦躁恼乱的身心得以柔顺，使杂乱无章的修学生活得以次第。日后才能堪为四众之模范，不负人天师表之尊敬！受戒是为学戒、持戒而为，故佛学院从一开学，使次第讲解沙弥尼戒，正学女戒，比丘尼戒，瑜伽菩萨戒，梵网菩萨戒，以及羯磨、布萨法，剃度仪轨/、传戒正范，尤以践习二郭僧戒仪轨为重心。使学僧通达开、遮、持、犯，时刻地检点自己的三业，以律规范自己的行为。
佛学院将俱舍，唯识作为第二体系，这是因为此两宗在教义上有异途同归之处，同属无著、世亲等论师所创。俱舍是一部组织严密，彻观迷悟因果真理，而达涅盘的要典，该论将小乘说有的有部与说空的经郭两派思想予以融会贯通，使小乘进入大乘的方便。而唯识乃大乘有宗。以“八识二无我，三性三无性”来建立唯识无境。建立唯识的因果缘起道理，破除烦恼，所知二障及一切法执。因为世间的一切万法无不由心而生，无不由心而造。心生则法生，心灭则法灭，心净则国土净，心染则国土染。”阐明了流转还灭皆不离心之染净，唯识学分析众生心理现象之透彻完善，比之现代心理学有过之而地不及。正因为如此，佛学院给学僧传授八识规矩颂，百法的门论，唯识二十颂，唯识三十论，摄大乘论，俱舍论及因明入正理论等有系论著。以达到对自我的认识，而超越自我所执。
缘起是佛教的特色，同样的性空也是佛法的特色。龙树之中观见，在佛教中，无论是从印度，西藏还是中国，都曾引起很大影响。故我们将中观之典籍作为教学的第三体系，正是源于此。因为世间的生死与出世之解脱无不是缘起性的，由一切法是自性空而离常见；由一一切法是缘起而离断见。为了使学僧对第一、二体系中的所学产生偏执，而授以中论以确立中观正见，及藏传的入中论，菩提道次第论，入菩萨行论及各种仪轨，不著空有而入中道第一义谛，方可入世严土熟生，破邪显正，大小并扬。
同时佛学院除教授上述体系外，并学习天台教仪，以明白天台智大师用“五时八教，一心三观”来判释世尊言教，修行位次之严禁密完整。“心佛及众生，是三无差别”众生是迷之佛，佛是觉悟之众生。故佛学院授大乘起信论，来提高学僧的本觉与始觉，使之合二为一而成究竟觉。对于南传上座郭之法宝清净道论，法句经，也必须研读。来体会禅定之境界。为了使学僧有一个全面的发展与提高，课程以经律论所诠之戒定慧为中心，同时还授古代汉语、佛教文学、英藏语、，财会、书法等课程。
总上所述，教学体系之内容包含了三大语系佛典，使学僧了解了佛法的全貌与次节。十分之七的研读佛学，十分之三学习文化，以达到佛学，文化知识的全面提高，以适应当今佛教，社会的发展，更好地为佛教事业服务。
