清代属依克明安旗,旧名巴拜泉,实为蒙古语巴拜布拉克。“巴拜”意为“宝贝”、“贵重的”,“布拉克”为“泉水”。合称为“宝贵的泉水”。 古为肃慎之地,秦后属鲜卑、勿吉图,隋唐属靺鞨黑水部,辽属契丹,金属上京会宁府,元属合兰府,明属奴儿干都司,清属依克明安旗辖地。但均无耕种,俗称“北大荒”。
光绪三十一年,黑龙江将军程德全请旨放荒得许后,开始放巴拜荒段,并设放荒总局和巴拜行局。
光绪三十一年春,王锡候祗领木质关防,奉委试署拜泉知县。
光绪三十三年,县署迁至三道沟镇神仙屯,仅月余,迁至三道沟镇。
光绪三十四年,移驻大泡子城基,此后,城址未再迁移。
1924年,明水、依安建县。自此,原拜泉县境析置出一部分划给二县。
1932年,日军侵占拜泉,并立伪县公署。
1945年8月15日,日本投降。
1945年11月16日,成立拜泉县人民政府。拜泉县曾先后隶属通肯副都统、海伦府、龙江道、龙江省、北安省、黑龙江省、嫩江行署。
1984年12月15日,嫩江行署与齐齐哈尔市合并,拜泉县隶属齐齐哈尔市,延续至今。