南海区农业部渔政渔港监督管理局的机构设置包含了一系列专业和职能部门，旨在确保渔业管理和海洋资源保护的高效运作。以下是其主要的机构分布：
首先，是核心的决策支持机构——办公室，负责日常管理和协调工作。
其次，有专门负责人力资源和教育培训的部门，即人事教育处，致力于提升员工的专业技能和管理能力。
行政管理方面，机关党委（加挂纪检监察室牌子）确保了机构的纪律和廉政建设，同时监督各项工作的执行。
在财务管理与政策规划上，计划财务处和政策法规处（加挂行政复议办公室牌子）分别负责预算管理和法规执行监督，保证了机构的合规运营。
对于渔业监督和港口管理，渔政渔港监督管理处是关键部门，负责维护海洋秩序和渔业权益。
信息管理和科技支持由信息处负责，通过现代化手段提升工作效率。
资源保护和环境保护由资源环保处负责，确保渔业可持续发展与海洋生态的和谐共存。
南沙渔业管理由南沙渔业处（加挂南沙渔政站牌子）专门负责，负责南沙海域的渔业管理和渔业站的运营。
珠海和三亚地区的渔业管理则由珠海渔政站和三亚渔政站具体执行。
另外，中国渔政南海总队作为整体机构的军事化力量，保障了海域安全和渔业执法。
最后，渔政船队作为执行海上执法任务的重要力量，是机构的重要组成部分。
同时，机关服务中心则提供后勤保障和服务支持，确保各部门的正常运行。
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