在上世纪末的高校改革中，我国教育体系经历了重大调整，确立了以省级政府为主导的两级管理模式，即中央和省级政府共同管理，但以省级为主导的新体制。
北京航空航天大学（北航），作为享有985工程和211工程双重荣誉的高等学府，其历史渊源可以追溯到上世纪五十年代。1959年，国家的一项文件将中国人民大学、北京大学、清华大学、中国科技大学等二十所高校定为“全国重点大学”。随后在1960年，这一名单又增加了四十四个学校。1978年，国务院进一步确认北京大学、清华大学在内的八十八所高校为全国重点大学。
自新中国成立以来，国家多次确认的重点大学大多成为今天教育部直属的高等学府。然而，少数具有全局意义的高校以及行业特色鲜明的院校，仍由国务院通过教育部、工业和信息化部等部分部门进行特别管理。大部分高校则主要由地方管理，或是以地方管理为主导。
我国的高等教育机构分为两大类：中央部属高校，这些学校由国家直接管理；和地方省属高校，它们主要归地方政府管辖。至于“重点大学”的概念，已经不再沿用，取而代之的是更为全面和细化的教育资源分配体系。
根据国务院（国发〔1999〕26号）《国务院关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》，国防科工委继续管理其所属学校。2008年3月15日第十一届全国人民代表大会第一次会议通过的《关于国务院机构改革的决定》，不再保留“国防科学技术工业委员会”的机构设置，国防科工委直属的7所高校也相应转由中华人民共和国工业和信息化部直属管理，分别是：西北工业大学、哈尔滨工业大学、哈尔滨工程大学、北京航空航天大学、北京理工大学、南京航空航天大学、南京理工大学。