（一）办公室 负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担机关政务协调和督办工作；承担安全、保密、政务公开、政务信息等工作。
（二）政策法规处
拟订全省环境保护政策；起草环境保护地方性法规和规章草案；承担涉及环境保护的其他政策制定工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担环境保护行政处罚工作；承担机关行政复议、行政应诉工作。
（三）规划财务处
组织编制全省环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；管理省级环保专项资金和项目；承担机关和直属单位财务、国有资产管理、内部审计工作；提出省环境保护领域固定资产投资规模和方向、财政性资金安排的建议和资金使用年度计划，并组织检查验收。
（四）科技标准处（国际合作处）
承担环境保护科技工作；参与拟订全省环境保护科技发展规划与计划；管理环境保护科研项目和成果；组织环境保护新技术的示范与推广；拟定地方环境标准、环境基准和技术规范；参与指导和推动循环经济、清洁生产与环保产业发展工作；承担全省环境保护国际合作与交流的管理工作；承办有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外环境保护事务；承担外事工作。
（五）环境影响评价处
承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作；负责省审批的建设项目竣工环境保护验收。
（六）污染物排放总量控制处
拟订全省主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划建议；考核总量减排情况；承担环境统计和污染源普查工作；组织开展排污权交易工作。
（七）污染防治处（流域水环境管理处）
拟订并组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治管理制度；建立跨市界河流断面水质考核制度并组织实施；组织开展清洁生产强制性审核；组织拟订有关污染防治规划并对实施情况进行监督；承担全省流域水环境质量管理和水污染防治工作；组织编制地表水环境功能区划、流域环境保护规划；指导、协调和监督海洋环境保护工作。
（八）核与辐射安全监督管理处
承担核与辐射安全管理工作；监督管理核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治；负责放射性废物管理和辐射事故应急工作；参与核事故应急；配合环境保护部对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装实施监督管理。
（九）自然生态保护处（农村环境保护处）
组织编制生态保护规划；提出新建的国家级自然保护区的推荐意见和地方级自然保护区的审批建议，审批自然保护区开发建设规划，监督省级自然保护区的保护工作；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源保护、农村生态环境保护工作；开展全省生态状况评估；指导生态示范创建工作，推进生态文明建设；承担全省生物技术环境安全管理工作；指导农村环境综合整治和生态农业建设工作。
（十）环境监察局
监督环境保护规划、政策、法规、标准的执行；组织拟订重特大突发环境事件和生态破坏事件的应急预案，指导、协调调查处理工作；协调解决有关跨区域环境污染纠纷；组织实施省内排污申报登记、省审批的建设项目环境保护“三同时”监督检查工作；组织管理全省环境监察网络，组织实施全省环境监察机构标准化建设；负责处理有关环境保护方面的信访工作（对外可使用厅信访办公室的名义）。
（十一）环境监测与信息处
组织开展和指导全省环境监测和环境信息管理工作；承担发布环境状况公报的有关工作；调查评估全省环境质量状况并进行预测预警；建设和管理全省环境监测网和环境信息网。
（十二）宣传教育处
拟订并组织实施全省环境保护宣传教育纲要；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；承担厅新闻审核和发布工作。
（十三）人事处
承担机关和直属单位的机构编制、人事管理工作；承担全省环境保护系统领导干部双重管理的有关工作；承担全省环境保护行政体制改革的有关工作；承担全省环境保护系统干部教育培训管理工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
离退休干部处 负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
