吉安市教育局的内设机构职能各异，各司其职，确保教育工作的顺利进行。
1. 办公室: 负责制定教育规划，处理机关日常事务，包括文电管理、公文处理、信息、安全、保密等工作，同时协调对外交流和国际合作。
2. 人事科 (党委办公室、毕业生就业指导服务办公室): 主管机关人事、职称、劳动工资等事务，协助干部任免，指导人事人才工作，管理教师资格认定、表彰奖励等，并负责大中专毕业生就业指导。
3. 计划财务科 (学校校舍建设办公室、学生资助管理中心): 统计教育信息，编制招生计划，管理财务，监督学校基建投资，落实贫困生资助政策，指导校园规划和收费管理。
4. 基础教育科 (中小学德育工作办公室、语言文字工作办公室): 管理基础教育，指导教育教学改革，负责学校设置、更名等审核，管理语言文字工作和中小学德育工作。
5. 职业教育与成人教育科: 负责职业教育的统筹规划，指导职业教育改革，管理教师培训，负责社区教育和远程教育，并对民办职业教育进行政策制定和管理。
6. 安全与维护稳定工作办公室: 负责学校安全稳定工作，处理安全稳定事件，指导学校社会治安综合治理，负责教育系统信访工作。
7. 吉安市人民政府教育督导室: 负责全市教育督导，确保教育法律、政策的执行和"两基"工作的推进。
8. 监察室: 是市监察局的派出机构，负责教育系统的内部监督和廉政建设。
吉安市教育局是主管全市教育事业的市政府工作部门，与市委教育工作委员会合署办公。