小儿埃博拉病毒病的潜伏期通常在2至21天之间，但大多数病例会在7至14天内出现症状。初期，患者会突然出现发热、寒战、头痛、肌肉酸痛、疲劳和食欲减退。随着病情恶化，呕吐、腹泻、排出类似血样的大便也会出现。可能伴随有腹痛、胸痛、咽痛等不适。
数天后，患者可能出现斑丘疹样的皮疹。值得注意的是，这种疾病可能导致严重的出血问题，如注射部位持续出血，皮肤、胃肠道和其他内脏器官出血，严重时可能引发休克甚至死亡。
由于症状与其它病毒性出血热相似，确诊需要依赖病原学或血清学检测。实验室方法，如从病人或疑似患者样本中检测出埃博拉病毒的抗原、抗体或核酸，或者通过病毒分离技术来确定。但鉴于病毒的传染性强，进行诊断的实验室必须具备严格的防护设施和相关防护措施。目前在疫区，常用的检查包括检测特异性IgM和IgG抗体的ELISA和Western印迹试验，以及反转录PCR方法检测病毒RNA。
近期，Saijo等人利用基因工程方法制备的埃博拉病毒核心蛋白质的特定肽段，开发出一种高特异性和敏感性的ELISA方法，用于检测IgG抗体，对埃博拉病毒和马尔堡病毒感染具有重要的诊断价值。