巴彦淖尔市人社局内设机构包括多个职能科室，各司其职，共同推动人力资源和社会保障工作的开展。
首先，办公室负责机关会议组织、文稿起草、财务管理、档案管理、保密工作、规章制度建设等，同时也负责政务协调、信访处理、综合管理和信息化建设，以及机构编制和人事管理工作，以及党群和离退休人员的管理服务。
其次，规划财务与基金监督科负责编制发展规划、预算，制定财务和基金管理制度，进行审计监督，确保人力资源和社会保障基金的合理使用。
就业促进科负责就业规划、公共就业服务、失业保险政策的制定，以及农牧民工工作的综合性政策和权益保障。
人力资源市场与人才开发科负责人力资源市场建设、人才开发政策和规划，以及人才队伍建设等工作。
在公务员管理方面，公务员管理科负责公务员的分类、录用、考核等政策规定实施，以及事业单位工作人员的管理。
专业技术人员管理科负责专业技术人员的管理，包括职称改革、资格评审和外籍人才引进等工作。
军官转业安置科负责军队转业干部的安置政策和计划，自主择业干部的管理等。
事业单位人事管理科负责事业单位人事管理政策的制定和执行，包括岗位设置和人员招聘等工作。
其他如工资福利、职业能力建设、劳动关系、养老保险、工伤保险、调解仲裁、劳动监察和教育培训等工作，各科室都在各自的领域内发挥关键作用，共同构建和完善人力资源和社会保障体系。