新农合跨市住院可以报销。报销比例如下：1、跨省市外住院治疗的，按照市内医疗机构类别起付线增加一倍，报销比例降低10%；2、省外医院住院治疗的，起付线按档次住院总费用的20%计算，最低为两千元，最高为一万，报销比例为55%。若是未经转诊到外地住院治疗的，报销比例再降低10%。
《
中华人民共和国社会保险法》
第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。 社会保险行政部门和
卫生行政部门应当建立
异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。