战国时期，各个忍者族群仅仅受雇于人，没有固定的组织、国家。当时的忍者为了存活，甚至连姓氏都不能随便透露。忍者和平民的平均寿命只有30岁左右，导致平均寿命大幅度下降的原因即是：连幼小的孩童也要上战场拼命！
宇智波斑在河边扔石头过河的时候，柱间来到并与斑成为扔石头的对手。因为不能透露姓名而两人只告诉对方自己的名，柱间也从斑扔石头的方式中知道了斑也是个忍者。这时柱间在河里发现了羽衣一族人的尸体，因此柱间需要回去因为这里快要成为战场。
柱间回到家里知道了自己弟弟千手瓦间的死亡，他向父亲千手佛间质疑无休止的战争连小孩也要去上战场，佛间却觉得忍者为战争而死是件自豪的事情而责打柱间，幸亏得到扉间的阻止而停止。随后柱间告诉了扉间、板间应该签到协议结成同盟才能避免这种无休止的战争。
不久之后，板间也被宇智波一族的人杀死，柱间因为悲伤而在此来到河边。这时斑也来到了这里，互相了解到对方的痛楚。斑觉得要想阻止双方死亡只有推心置腹、坦诚相见，但因为人心而觉得不可能，两人觉得如果让大人采纳他们的意见必须要让自己变得更强才行，两人开始每日互相切磋技艺。一日两人比赛爬上了山顶，在这里柱间提出要建立一个村落来保护孩子们，并建立一个学校让孩子们训练、完成任务、设定等级，从而让孩子们远离战争，斑觉得这样可以更好的保护自己的弟弟。
两人每日的切磋终究被双方的父亲了解；千手佛间、宇智波田岛互相布下埋伏，准备干掉敌方忍者。而柱间和斑却不忍残杀，互掷水漂告密撤离。但双方父亲、兄弟都不肯罢手，柱间与斑不得不走向对立面，宇智波斑也因为斩断和千手柱间的羁绊，首次激发了写轮眼。 经历常年的磨练，千手柱间、宇智波斑都分别成为各自族群的首领，屹立于忍界不败的顶峰。2人也多次互有交手，几乎不分胜负（千手柱间略占上风）在一次战斗中，千手扉间重伤了宇智波泉奈。宇智波泉奈之后不治身亡，宇智波一族渐渐不敌千手一族，身带仇恨的斑却始终不肯投降。泉奈死后，在一次战斗中宇智波斑败北。斑要求千手柱间自杀，或者杀死千手柱间的弟弟千手扉间，才愿投降。大义的柱间毅然选择自杀。斑被柱间感动，终于签署协议，和千手一族共同受雇于火之国，于是木叶便诞生了。与此同时，其余四国纷纷效仿火之国的做法，组建各自的忍者组织，就此开启了五国共治忍界的时代。
柱间与斑终于完成了儿时的梦想，柱间本想将火影大位让给斑，但不止是其他族群，就连宇智波一族都已不再听信于斑。表面上看起来是扉间与斑的仇隙无法愈合。实质上，宇智波斑已经被木叶所有人孤立起来。除了柱间，没有人能和斑推心置腹。木叶所有人都支持柱间做火影，而支持斑的却寥寥无几。
宇智波斑在南贺神社密室用瞳力解读出六道仙人留下的箴言：“天下一神，欲求安宁，分级阴阳之势；互斥二力，相与为一，孕得森罗万象。”意思就是，两股相异的力量，同心协力，就能得到真正的幸福（但也被黑绝篡改加入无限月读才是拯救宇智波一族的真正出路 ）。于是宇智波斑准备离开木叶寻求出路，虽然柱间对宇智波斑百般挽留，决定让斑做第二代火影。但是斑看出：除了柱间，没有人能和他心意相通，宇智波一族也迟早是兔死狗烹的下场。斑坚持决定离开木叶独自修行，终有一日要与柱间决一雌雄 ！
在终结之谷两人进行了对决，以柱间的胜利而告终。
千手柱间为木叶忍者村尽心尽力，与泷忍者村叛忍角都曾经交手过。 在第四次忍界大战期间，大蛇丸一行人找到了位于木叶村子边缘漩涡一族神社，大蛇丸找到并戴上了死神的面具，利用佐助提供的卷轴解开了尸鬼封尽，大蛇丸取回了双手，并利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影 。
在佐助征询柱间“什么是忍者”、“什么是村子”的问题之后，佐助明白鼬正是继承了千手柱间火的意志，决定维护哥哥的意志，阻止宇智波斑、宇智波带土的月之眼计划。大蛇丸既是为了观察佐助、也为了自己的存亡，决定协助佐助。至此，火之国史上的四位火影正式参战 。
当柱间抵达战场后，再一次与宇智波斑展开激烈战斗，在战斗过程中，斑告诉了柱间宇智波石板上所记载六道仙人与十尾的过去，告知将完成月之眼计划的人只能是自己 。
带土被鸣人和佐助以及忍者联军打败后，战场转移到斑这边，柱间和斑大战，柱间被斑用轮回铁棒刺穿身体，而柱间用木遁木龙之术束缚住斑，让斑轮回眼吸收忍术的招数无效，让鸣人用螺旋手里剑给他最后一击，结果斑还是没被重创，柱间又使用明神门压制斑等待封印忍者封印斑，这时带土被黑绝控制用轮回天生术复活斑，斑得以重生封印失败，斑用轮回之术使柱间身体被定住，吸收了柱间的仙术查克拉，斑随意的解释提醒柱间“通过让相反的两种力量融合，就能得到真正的幸福”，这是宇智波石碑的内容 。
随着斑的复活，战场又将进入白热化阶段，秽土转生之后的柱间因为没有发挥出全力已经被完全复活的宇智波斑用黑棒封锁住提炼查克拉的穴道，并且被夺走了仙术查克拉，为了阻止斑所以传授给了佐助一个秘密的术 。
后鸣人在另一个空间中与忍宗和忍者之始祖——六道仙人相遇，得知了柱间是上一代的六道之子--阿修罗的转世者 。
宇智波斑被大筒木辉夜杀死之后，控制柱间的黑棒因此而消失，柱间终于恢复了行动能力 。
柱间与其他影来到了斑遗留的躯体下半身，扉间为了确认斑的生死决定要用斑的下半身秽土转生但柱间因为活祭品的问题而尝试别的办法，柱间触碰斑的下半身上，这时六道仙人开始出现 。后六道仙人召唤历代五影将成功封印辉夜的七班召回现世，在最后一次与斑对话后六道仙人解除秽土转生，自己将再次回到另一个世界。
