水利部财政国库管理制度改革试点的资金支付管理中，各级主管单位肩负着重要职责。首先，他们指导预算单位进行资金管理和会计核算，审核并上报预算拨款印鉴卡，组织编制并审核用款计划，逐级批转给所属单位。同时，他们还需监督所属单位正确使用零余额账户和特设专户。
基层预算单位在管理中需按预算执行，进行财务和会计核算，申请设立资金账户并办理预留印鉴手续。他们需根据批复预算编制用款计划，提出支付申请，参与招标和项目管理，确保工程质量，并接受上级监督检查。
财务部门在各级预算单位中负责具体的财务管理，指导下级单位，填写开户申请并审核，编制和上报用款计划，参与合同签订，审核支付申请和支付凭证，并配合监督资金使用情况。
在审核过程中，各级主管单位需严格遵循相关规定，对无预算或违规申请、手续不全、存在违规行为等情况，有权拒绝支付申请。而监督内容则包括资金使用程序、支付凭证的真实性、招标程序的合规性，以及防止资金转移和滥用等财经纪律问题。
最后，水利部的监察审计部门承担起对各级预算单位财政性资金支付管理的监督和审计职责，确保资金使用的合规性和有效性。
《水利部财政国库管理制度改革试点资金支付管理办法实施细则》（试行），共八章九十四条，于2002年12月16日起施行。这是为加强水利财政性资金的管理与监督，提高水利财政性资金的使用效益，根据财政部《中央单位财政国库管理制度改革试点资金支付管理办法》（财库〔2002〕28号），结合水利部门的实际情况而制定的。