为提高工作效率，进一步方便患者，医院于1996年在兵团范围内率先实现计算机全院联网。各科室主要业务数据均实现了计算机网络的实时采集和汇总。2002年，又投资100余万元对院内计算机网络进行了更新改造。2005年，又投资建设医生工作站，实现了医生医嘱和病历的计算机输入和管理，实现了病历无纸化。为了加强与上海、北京等知名医院的联系，同时，也通过网络加强对疆内各师局等基层医院的业务指导，医院建成了远程医学系统，通过互联网，实现了与内地一流专科医院的实时交流。充分发挥医院的带动和辐射作用，促进边疆医学事业的发展。
为强化医疗服务质量的全过程管理，进一步提高医疗服务质量，2004年，医院按照国际通行的ISO9000族质量管理体系要求，创建起标准化的质量管理体系，提出了“以人为本、患者至上”、“全员参与、持续改进”、“创建绿色医疗环境”的质量方针。通过对医疗服务过程的环节控制，务求达到既定的质量目标，从而更好地为患者提供稳定、有保障的规范化服务。
为给患者创造满意的就诊环境，医院先后投资近两千万元建成了设施先进、布局合理的门诊大楼，其规模设施占居疆内领先地位，技术先进，设备优良，功能齐全，为患者提供了一个舒适、便捷的就医空间。2004年又投资1.36亿元建设了住院二部，建筑面积近3万平方米，已于2006年6月交付使用；投资1300余万元、建筑面积5111平方米、结构合理、设施齐备的兵团传染病院也于2005年投入使用。住院二部及兵团传染病院的投入使用，改善了病人的就医条件和就诊环境。投资1900万元、建筑面积1万平米的老干病科及兵团中医院也将于2007年开始动工。
医院交通便利、环境优美。近年来，医院逐年加大对院容院貌的绿化和美化，累计投入资金200余万元，用于绿化和环境改造。目前，医院的各种绿地面积已达11.3万平方米，绿化覆盖率已达到50.8%，道路两侧绿化普及率达到99%以上，全院人均公共绿地达到46平方米。院内绿树成荫、整洁优美，有草坪、花带、假山、凉亭、景点，三季有花，四季常青，道路整齐划一，连续多年被当地人民政府授予红旗卫生单位、绿化先进单位和“花园式单位”。医院继续保持了石河子市“花园式单位”和“红旗卫生单位”的称号，并被评为“自治区绿化模范单位”。今年新增绿化草坪4200平米，各种灌木、花草树木6000株，做到了冬有树、夏秋有花、春有绿草，草成片、花成块、一池一特色，一院一景致。住院二部的建设获得自治区质检总站的高度评价，荣获了自治区“天山杯”，并且作为自治区和兵团本年度唯一推荐项目参加国家“鲁班奖”的评选。为创建安全文明小区，医院加大综合治理力度，逐级逐人落实社会治安目标责任书，使综治工作形成“层层有人抓，处处有人管，事事有人干”的综合治理网络，为全院干部职工以及来院就诊的患者创造了安全、文明、整洁的居住、工作和就医环境。医院多次被石河子市人民政府评为“师市社会治安综合治理先进单位”。
