（一）办公室（党委办公室）
负责局党政工作的组织协调和会议决议、决定的督办工作；负责文电、会务、机要、档案、保密、宣传、信访、综治和后勤服务工作；负责局机关并指导设区市（湖）水文局的党群工作。
主任：尚学文 副主任：熊林泱、袁会平
党委办公室主任：李林根
团委书记：贺 强
（二）政策法规处（安全监督处）
承担水文发展与改革的重大专题研究，拟订全省水文相关政策；负责全省水文水资源监测设施的管理与保护，协助水行政主管部门对侵占、损毁、破坏水文水资源监测设施的违法案件进行查处；负责全省水文行业安全生产管理工作。
处长：徐 港 副处长：熊 能 副调研员：卢国娟
（三）计划财务处
拟订全省水文事业发展规划，编制年度投资计划；组织编制全省水文系统年度部门预算与决算；承担省水文局并指导设区市（鄱阳湖）水文局财务及资产管理工作。
处长：胡永华 副处长：邹雪琳、王钦钊
（四）科技处
负责全省水文技术管理工作，编制全省水文科技发展规划；归口管理技术标准规范贯彻执行和科技项目的申报、技术鉴定管理工作；负责水文对外合作与交流，科技成果的推广应用。
处长：黎明 副处长：熊丽黎 副调研员：胡魁德
（五）建设管理处
拟订全省水文基础设施站网建设规划，负责全省水文基础设施工程项目、重大技改项目、基建项目前期工作及项目的建设管理；承担水文统计工作。
处长：洪全祥 副处长：陈福春、姜伟平
（六）水文监测处
负责水文测验技术、标准和规范的监督实施；组织指导全省水文测验工作；组织水文应急抢测工作；负责水文监测计量器具检定。
处长：刘铁林 副处长：万建伟、方园园
（七）水情处（防汛抗旱处）
负责组织全省水、雨情的分析、预测、预报；承担全省防汛抗旱水情信息系统的开发、运行、管理；负责雨、水情自动测报系统网络建设与研究；负责全省墒情监测、分析及预报，收集墒情资料并编制土壤墒情公报。
处长：李慧明 副处长：陈家霖、刘贡、冻芳芳 副调研员：潘汉明
（八）水资源处
负责组织全省水资源（地表水和地下水）的调查评价以及动态监测、分析、预报工作；承担水资源监测评价管理服务系统建设和运行管理。
处长：李梅 副处长：喻中文、吴智
（九）水质处
负责江河湖库的水质常规监测，承担全省水功能区、界河、水源地、入河排污口水质监测；承担水质资料的审查与汇编工作；参与重大突发水污染、水生态事件的应急监测及处置工作；承担水资源监测预警系统的开发建设和运行管理。
处长：邢久生 副处长：郜野牧、邓燕青
（十）水文资料处
负责全省水文资料的汇交、审定、裁决和刊印工作；负责水文资料整编及分析、研究、管理与使用，做好水文资料为社会服务工作；负责水文数据库系统的开发、建设、维护和应用工作。
处长：时建国 副处长：关兴中
（十一）通讯信息处
负责全省水文通信网络的规划、建设；负责水文信息系统的运行管理；负责本系统水文信息化技术的研究、开发、应用、推广和培训；指导全省水文信息化应用系统的运行管理工作，管理江西水文网站。
处长：金叶文 副处长：殷国强、王述强
（十二）人事处
负责全省水文机构编制和干部人事管理工作；负责全省水文劳动工资、福利和劳动保护工作；负责职工教育培训工作，指导全省水文行业职工队伍建设；负责局机关离退休干部日常工作；指导全省水文行业的离退休干部工作。
处长：刘玫 副处长：刘洪波
（十三）纪委（监察室、审计处）
负责局纪委及监察日常工作，指导水文行业行风建设；负责全省水文系统内部审计工作。
纪委副书记（监察室主任、审计处处长）：章斌
监察室副主任、审计处副处长：陈天安
