荷兰独立战争爆发后，荷兰人成立了荷兰东印度公司，发动一连串战争，以夺取西班牙、葡萄牙于东亚的殖民地。后来荷兰人在雅加达、安汶、平户等地陆续开设商馆，惟与中国贸易进展不顺。
1571年，西班牙人在马尼拉建立殖民地后，就以此地为东亚贸易的中心，逐步征服菲律宾其他岛屿。虽然台湾很靠近吕宋岛，但西班牙人选择往南方的民答那峨岛、摩鹿加群岛扩张，并无意占领台湾。等到丰臣秀吉打算以台湾为跳板进攻吕宋岛，西班牙人才体会到台湾的战略价值，不少官员催促马尼拉当局占领台湾，不过也有人反对，最后只派舰队去侦查，却遇上恶劣天候而无成果。后来丰臣秀吉于1598年去世，马尼拉当局眼见威胁已缓和，不再打算占领台湾。
到了17世纪初，马尼拉当局的威胁很快就从日本人变成荷兰人。荷兰因为荷兰独立战争和西班牙敌对，所以荷兰人扩张到东亚后，考量马尼拉的繁荣来自中国的丝以及美洲的白银贸易，首要之务就是攻击这两地出入马尼拉的船只。不过仍有华商愿意冒险前往马尼拉，让荷兰人了解只靠封锁马尼拉并不够，因此改变战略，决定在靠近中国的地方建立据点，抢走菲律宾群岛的对华贸易。然而荷军夺取澳门与澎湖的作战都告失败，便转进南台湾的大员。这时马尼拉当局才察觉事态严重，为了对抗荷兰人，也决定在台湾建立据点。
1604年，韦麻郎（荷兰语：Wybrand van Warwijck）打算进攻澳门，以作为与明朝贸易的基地。因被葡萄牙人击退，韦麻郎转而趁明军无汛兵防守时，占领澎湖。但明军将领沈有容率兵到澎湖，要求韦麻郎离开。韦麻郎迫于此压力下，且无法顺利与中国贸易，因而离开。此事件留有《沈有容谕退红毛番韦麻郎等》碑，今仍竖立在澎湖天后宫中。
1622年，柯恩总督获知西班牙人意图占领台湾，遂派雷约生（荷兰语：Cornelis Reijersen）率领600人进攻澳门，若失败则转往澎湖或台湾设立贸易据点。只是荷军遭西班牙、葡萄牙联军顽强抵抗，损失惨重，雷约生遂转占澎湖，并在风柜尾筑城。1624年南居益上任福建巡抚后，打算硬逼荷兰人退出澎湖，派兵包围了风柜尾城。经过八个月激战以后，荷兰人和明朝达成协议，同意摧毁风柜尾的要塞和炮台，转进至不属于中国版图的台湾岛，明朝亦不干涉荷兰对台湾的占领。
荷兰东印度公司乃于不受明朝政府管辖的福尔摩沙（今台湾）大员（今台南市安平区），建立台湾史上第一个统治政权。明帝国对于荷兰人占领台湾并无异议，因为台湾并非其所认为的领土。
根据中央研究院院士杜正胜与曹永和的研究：“明朝虽实施海禁，但台湾不只明朝不管，甚至也不属任何国家管辖，所以走私船早在当时就在基隆、安平与淡水会合明朝、日本与西班牙、葡萄牙与荷兰的商船。...根据荷兰史料，当时东印度公司指挥官莱尔森于1622年到福州谈判，明朝官员为了劝诱他们撤出澎湖，建议他们到澎湖以东，一座不属于明朝的岛屿，也就是台湾，间接同意明朝船只到大员（今安平）与之通商。...当时明朝官员向莱尔森说：“你不知道大员怎么去，我们派船带你去”。这段史料，显见明朝福建官员知道台湾，却不把台湾当作属地。而同样年代，明代的史料记载的是，官员软硬兼施，并请海商李旦居中协调，荷兰的新任长官宋克，才在1624年拆除澎湖城堡的建材，搭乘热兰遮城号商船，来到大员上岸，宋克也成为荷兰建立台湾政权的首任长官，他也在大员建立热兰遮城。。
新任长官宋克首先在北汕尾（今台南四草）建立简易的商馆，并于1625年，在大员一鲲鯓（今台南安平区）筑热兰遮城，以此作为统治台湾的中心。这是台湾跃上国际舞台的开始，也为外来政权占领的开始。 17世纪初，除了一些零星的汉人、日本人、海盗游走进出于台湾之外，西方重商主义国家也开始注意台湾。此时远东海面已成为欧洲三国角逐的形势∶租得明帝国之澳门的葡萄牙、殖民菲律宾吕宋岛的西班牙、盘踞爪哇的荷兰，在远东海面展开商业和殖民的竞争。
