有机肥料是用动物粪便和作物秸秆腐熟而成的农家肥，是传统的农家肥；
化学肥料是根据作物生长所需要的化学元素，直接添加工业制品的化学元素进行工艺生产，现在有尿素，复合肥，水溶肥等等。
区别：
（1）有机肥料含有大量的有机质，具有明显的改土培肥作用；化学肥料只能提供作物无机养分，长期施用会对土壤造成不良影响，使土壤“越种越馋”。
（2）有机肥料含有多种养分，所含养分全面平衡；而化肥所含养分种类单一，长期施用容易造成土壤和食品中的养分不平衡。
（3）有机肥料养分含量低，需要大量施用，而化学肥料养分含量高，施用量少。
（4）有机肥料肥效时间长；化学肥料肥效期短而猛，容易造成养分流失，污染环境。
（5）有机肥料来源于自然，肥料中没有任何化学合成物质，长期施用可以改善农产品品质；化学肥料属纯化学合成物质，施用不当能降低农产品品质。
（6）有机肥料在生产加工过程中，只要经过充分的腐熟处理，施用后便可提高作物的抗旱、抗病、抗虫能力，减少农药的使用量；长期施用化肥，由于降低了植物的免疫力，往往需要大量的化学农药维持作物生长，容易造成食品中有害物质增加。
（7）有机肥料中含有大量的有益微生物，可以促进土壤中的生物转化过程，有利于土壤肥力的不断提高；长期大量施用化学肥料可抑制土壤微生物的活动，导致土壤的自动调节能力下降。
有机肥料与化学肥料的优缺点：化学肥料是指用化学合成方法生产的肥料，包括氮、磷、钾、复合肥。化学肥料也叫“化肥”或“无机肥料”。 有机肥，是有机物制作的肥料，而化肥是靠人工合成的无机物。化肥与有机肥的性质有很大的不同。化学肥料含有的营养元素的种类单一或较少，但养分含量高，肥效迅速(个别除外)，肥效猛而不长，改善土壤的作用不太大，甚至有破坏土壤性质的副作用;而有机肥料含养分种类多或较全面，肥效慢但肥效长，有改良土壤性质的作用。把有机肥和化肥结合施用，能互相取长补短，充分发挥肥效。 化肥在农业生产中的大量使用，会带来诸如农产品品质下降、土壤板结、污染水源等问题，而这些都是由于土壤长期缺乏有机质和过量使用化肥造成的，而要解决这些问题最根本的办法是减少化肥的使用量，增加有机肥的使用，以提高土壤有机质与土壤肥力。
有机肥料富含有机质，例如：禽畜粪便、有机复合肥等等
化学肥料不含有机质
区别在于，禽畜粪便充分腐熟后，可以改变土壤团粒结构、提高地温、养份持效期长、可以供给作物所需养份等等
化学肥料是速效肥料、养份含量高，可以根据作物所需营养进行随时调整。
微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。其在中国已有近50年的历史，从根瘤菌剂--细菌肥料--微生物肥料，从名称上的演变已说明中国微生物肥料逐步发展的过程。
有机肥料（manure） 天然有机质经微生物分解或发酵而成的一类肥料。中国又称农家肥。其特点有：原料来源广，数量大；养分全，含量低；肥效迟而长，须经微生物分解转化后才能为植物所吸收；改土培肥效果好。常用的自然肥料品种有绿肥、人粪尿、厩肥、堆肥、沤肥、沼气肥和废弃物肥料等。
由化学方法或（和）混合方法制成的含作物营养元素氮、磷、钾中任何两种或三种的化肥。
化学肥料是指用化学方法制造或者开采矿石，经过加工制成的肥料，也称无机肥料，包括氮肥、磷肥、钾肥、微肥、复合肥料等，它们具有以下一些共同的特点:成分单纯，养分含量高;肥效快，肥劲猛;某些肥料有酸碱反应;一般不含有机质，无改土培肥的作用。化学肥料种类较多，性质和施用方法差异较大。
有机肥的概念比较广,含有碳源物质的肥料统称,包括饼肥、堆肥、沤肥、厩肥、泥肥、沼肥、绿肥、菌肥等；从制作方式来分天然有机肥,有机复混肥,生物有机肥等. 生物有机肥,是有机肥的一类,有机肥在商品化生产过程中利用微生物的发酵和分解,可以是自然发酵也可以是添加人工菌种干预发酵,达到充分分解充分杀菌的目的. 生物有机肥也区别于生物菌肥,生物有机肥中主要利用有机养分、有机质,菌肥主要利用含有的菌种、菌株.
有机肥料和化学肥料各有特点，概括起来主要有以下七点：一、有机肥料含有大量的有机质，具有明显的改土培肥作用；化学肥料只能提供作物无机养分，长期施用会对土壤造成不良影响，使土壤“越种越馋”。二、有机肥料含有多种养分，所含养分全面平衡；而化肥所含养分种类单一，长期施用容易造成土壤和食品中的养分不平衡。三、有机肥料养分含量低，需要大量施用，而化学肥料养分含量高，施用量少。四、有机肥料肥效时间长；化学肥料肥效期短而猛，容易造成养分流失，污染环境。五、有机肥料来源于自然，肥料中没有任何化学合成物质，长期施用可以改善农产品品质；化学肥料属纯化学合成物质，施用不当能降低农产品品质。六、有机肥料在生产加工过程中，只要经过充分的腐熟处理，施用后便可提高作物的抗旱、抗病、抗虫能力，减少农药的使用量；长期施用化肥，由于降低了植物的免疫力，往往需要大量的化学农药维持作物生长，容易造成食品中有害物质增加。七、有机肥料中含有大量的有益微生物，可以促进土壤中的生物转化过程，有利于土壤肥力的不断提高；长期大量施用化学肥料可抑制土壤微生物的活动，导致土壤的自动调节能力下降。