会计机构涉及会计工作所有经济业务。卫生部制定的《规定》对内部财务会计控制内容提出10项要求。
（1）预算控制。包括建立预算的编制、审批、执行、调整、考核等管理制度。特别要求医疗机构要按照批准的年度预算组织收入、安排支出、严格控制无预算支出。
（2）收入控制。涵盖建立健全收入、价格、医疗预收款、票据、退费管理制度及岗位责任制。
（3）支出控制。健全支出的申请、审批、审核、支付等制度，明确支出审批权限，责任和相关控制措施。（4）货币资金控制。建立严格的货币资金业务授权批准制度，明确被授权人的审批权限、审批程序。（5）药品和库存物资控制。制定科学规范的药品及库存物资管理流程，明确计划编制、审批、取得、验收入库、付款、仓储保管、领用发出与处置等环节的控制要求。
（6）固定资产控制。制定固定资产管理业务流程，明确取得、验收、使用、保管、处置等环节的控制要求。
（7）工程项目控制。建立健全工程项目管理制度和岗位责任制，制定项目决策，概算编制，项目实施，价款支付、竣工决策、竣工审计业务流程。
（8）对外投资控制。建立对外投资项目立项、评估、决策环节的有效控制措施。
（9）债权和债务控制。建立健全应收款、应付款项审批手续、清欠核对报告、定期清理等制度。
（10）财务电子信息化控制。明确其功能，业务流程，操作授权、数据结构和数据校验等方面必须符合会计机构的要求。 执行和审核职务要分离财务收入支出事项牵制制度要求有经办人、验收人、审核人和批准四道工序，审核人是行使收支的合法性和合理性的审查职务，它又是批准人能否批准的收支的依据，执行和审核职务的分离，会形成一种互相制约的关系，防止执行职务的人偏离收支计划，违背财经纪委和法律法规。
执行和记录的职务分离特别是支票和银行存款印鉴要实行分管制度，防止集中出纳员一人保管而产生舞弊现象。工程项目管理人员不能兼管工程决算的审查。《决定》对月末编制银行存款调节表提出新的要求，不能由银行出纳人员自行编制，要由以外的财务人员进行核对。 保管和记录的职务要分离对物资要设三级帐薄管理，财务部门设立总帐，进行总分类核算，物资保管部门要设置立明细帐、进行明细核算，物品保管员要设立数量明细帐，进行品种、规格、数量的核算。三者互相制约，才能保护财产物资的安全和完整，同时还要做到记录明细帐和总帐要分离、登记日记帐和总帐要分离。
责任
授权批准控制授权批准控制是指医院在处理财会业务时，必须经过授权批准。授权批准体系的建立应包括授权批准的范围，授权批准的层次、授权批准的责任：
（1）授权批准范围必须是授权人指定范围内权力行为，如果超越指定权力行为，这种授权是无效的。
（2）授权批准一般分三个层次，基本建设、大型维修，药品和设备购置应由职工代表大会批准，正常经济运行的支出由医院院长审批，小型支出由财务科长审批。
（3）授权批准的责任是指在授权批准时，既要明确下属的有哪些权限，也要明确应承当的责任，做到权、责的统一，有权无责会造成权力的失控，有责无权会形成无所作为，有权有责才能保持政令畅通。
