深圳市国家税务局的机构设置包括多个内设部门和直属机构，以确保税务工作的高效执行和公正管理。其中，核心部门如下：
1. 办公室 负责日常行政管理和协调工作。
2. 政策法规处 负责落实相关税务法律法规和规章制度。
3. 货物和劳务税处 专注于货物和服务的税收管理。
4. 所得税处 专责所得税的征收和管理。
5. 收入规划核算处 负责税收计划的制定和执行。
6. 纳税服务处 提供税务服务和咨询。
7. 征管和科技发展处 推动税务管理的信息化建设。
8. 财务管理处 管理税务资金和财务审计。
9. 督察内审处 监督内部管理和进行审计工作。
10. 人事处 负责人力资源管理和干部管理。
11. 教育处 关注税务教育和培训。
12. 监察室 负责党风廉政建设与反腐败工作。
13. 国际税务管理处（大企业税收管理处） 专注于国际税收和大型企业税收管理。
14. 稽查局 执行税务稽查和案件查处工作。
此外，还有直属税务分局和海洋石油税收管理分局，分别负责车辆购置税、进出口贸易税收管理、海洋石油企业税收征管等工作，并强调党风廉政建设和行风建设。事业单位信息中心、机关服务中心、税收科学研究所、注册税务师管理中心和票证中心则分别提供信息技术支持、后勤服务、税收研究、专业人才管理和票证管理等支持性服务。
豪华的国税大楼