游戏继承了GB上塞尔达的系统，用A、B两键装备道具。R键则用于自《时光之笛》以来保留的滚动动作，L键则用于与角色拼碎片。这些简单的操作也是令玩家能够迅速溶进塞尔达世界的原因之一。尽管游戏中收集的要素比以往要多，菜单依然清爽，收集、道具与地图作用一目了然，也没有更多的小菜单考验玩家的眼力。菜单中能够查看的地图也有了改进，玩家可以按键查看各个区域的详细情况，看看时候遗漏了道具或在出现了什么隐藏人物。此外，玩家也可以查看剑术与碎片收集情况。
游戏可以说对初玩者非常体贴，运用巧妙的方法将基本操作的解释与剧情结合在一起。细心的玩家应该可以发现，就算是前期简单的训练，游戏也分为了三个不同的阶段，循序渐进地指导新玩家如何开始游戏。这方面在笔者今年玩过的游戏中是做的最好的一个。相信日后的塞尔达就算难度再高，也不会影响玩家的上手速度。 在序幕中，游戏用了与《风之杖》相似的方法描绘出故事的背景。塞尔达的世界是一个神灵居住的世界，在这里，神就是“皮克罗”这种小小生物，游戏的剧情也紧紧围绕着皮克罗展开。塞尔达公主被魔人古夫变成了石像，林克为了解救公主，不得不求助于皮克罗的力量，而在旅途中，与一顶会说话的帽子的邂逅成为了冒险的真正开始。
这顶会说话的帽子继承了N64版塞尔达的传统，就如副标题的“神奇帽”，它无论从剧情或系统都有相当重要的作用。它的出现使林克在冒险途中也不会感到太孤单，而且也会为林克提供不少情报，要记得经常按SELECT键听听他的话哦。更有趣的是，与天真的精灵不一样，这顶帽子是个刀子嘴豆腐心的家伙，虽然经常损人，但实际上却很关心林克，也是他赋予了林克能够化身为皮克罗一样小的能力。
在人类世界与皮克罗世界之间的穿梭成为了游戏的一大亮点。在游戏中可以看见不少树桩或瓶罐，玩家可以利用这些变换大小。虽然在《四剑》中已经出现过这种能力，但真正与游戏剧情如此紧密关联起来却还是第一次，也为游戏的氛围增添了不少趣味横生的要素。对于敌人来说，变小的林克正好成了盘中餐。在第一关的迷宫里，最后的BOSS便是平时如杂草一般的球球，给变成小人的林克带来不少麻烦。甚至瓢泼的大雨都会让小林克吃苦头，操作林克为了躲避雨滴而东躲西藏相信会令不少玩家感到既紧张又好笑，而这样诙谐有趣的镜头在游戏中比比皆是。变成小人也是发展剧情的必需，例如林克要通过由恶猫看守的花圃，获得令小人力大无穷的手镯。在通过之后，小皮克罗们甚至会赞叹你为“穿越魔境的勇士”，成就感油然而生。在一段情节中，林克爬上鞋匠的桌子，发现小皮克罗们在帮鞋匠做鞋，童话世界的感觉跃然屏上。 众所周知，塞尔达的精华在于迷宫。那鬼斧神工、环环相扣的迷宫令无数玩家赞叹，也令无数游戏效仿。在《神奇帽》中，制作者们更是尽情发挥着自己的想象力，让一个个看似简单的场景变得如此不可捉摸，仿佛身边每一寸土地都埋藏着喜人的宝物。
游戏中的6个迷宫继承了系列以不同的自然元素为主题的设计思路，林、火、土、冰、空这些特点在迷宫中有着非常出色的体现，也与迷宫的解谜思路息息相关。在勇闯迷宫的时候，玩家不能忽视道具的作用。破解每个迷宫的关键依然在于道具。这次除了传统的弓箭、炸弹与回旋镖之外，林克又增添了几样新道具。森林神庙中获得的魔法壶是让人眼睛一亮的道具。初入手的时候只以为是个吸尘器，不过尔尔，但在乘荷前进的时候就不能不被它所折服了。另外两种新道具乾坤杖与土鼹手套也都是不可或缺的重要道具，进入圣域之后学得的分身更是把四剑的谜题思路带到了单人游戏之中。对于新玩家来说，与传统道具相关的谜题可以让他们搅尽脑汁，而老玩家也能够在新道具中找到乐趣，这才是《神奇帽》所想带给玩家的感觉吧。尽管迷宫的数量不及以前作品，但变身的系统拓展了游戏的地图，迷宫藏迷宫的感觉被《神奇帽》发挥到了极致。并且，象迷宫数量比较少的《假面》一样，游戏增加了进入迷宫之前的路程，也可以说增加了不少隐性迷宫，笔者就曾经在寻找第三个迷宫的入口处卡住了一段时间。正如一位深谙塞尔达的好友所说，“其实海拉尔平原就是一个大迷宫”，《神奇帽》中的迷宫实际上被分散在了整个游戏流程之中，又有谁能想到在海拉尔镇里竟然也有好几个小迷宫呢？
如果有难度评选的话，本作的难度无疑应该是系列中最低的。迷宫的难度让一些老玩家不满。隐性迷宫可以说并没有太大难度，而传统迷宫不仅数量少，需要让人好好思考的地方也并不多。笔者认为这有两方面的因素。一方面，与传统道具相关的设计灵感在之前的作品就已经达到相当的高度，即使只保持原有的水平，玩家也会渐渐失去新鲜感，而新道具体现出的灵感在多数时候甚至不如传统道具；另外一方面，在游戏难度普遍降低的今天，一味追求难度只能使塞尔达系列变为越来越FANS向的游戏，吸引新玩家是一个系列保持生命力的关键要素，因此游戏在难度方面精心调整，让新玩家也能够比较轻松的享受塞尔达的乐趣。 道具收集一直是塞尔达系列的招牌项目，尽管有些收集与游戏过程完全无关，但在玩家偶尔有了些收获后，便会继续沉迷在这些收集之中了。收集路线共分为四条。
1.心之碎片与道具升级的收集乃系列的传统。心之碎片的收集难度与以往相若，总会有几个相当难找，因此需要玩家充分观察每一个可疑的地方。这次的收集与碎片收集交错在一起，很多心之碎片要通过拼碎片来完成，因此寻找的自由度实际下降不少。而道具升级依然要通过各类特定事件发生，只要注意提示，也并不会太困难。
2.剑术的收集这是游戏中新增加的项目。只要学会一门新的剑术，就能得到此剑术的虎皮卷轴。与收集比起来，剑术的效果更令人侧目。尽管塞尔达不是一个以战斗为长的游戏，学得大回旋斩之后劈杀的豪爽感觉依然令人兴奋。这些剑技可以说是对2D塞尔达作品战斗方式的总结，虽然一些技巧只是鸡肋，也权且当个观赏品吧。
3.碎片事件的收集这次可以说是游戏最重要的系统，作为所有隐藏事件的触发条件，甚至有些喧宾夺主的感觉。为了完成心之碎片与剑术的收集，玩家不得不各处寻找可以拼碎片的角色。当然，就象《最终幻想8》的纸牌游戏一样，原本很一般的游戏龙套角色也有了自己的作用。并且部分碎片事件随机产生，增加了收集的不确定性。对于碎片系统在本游戏中的作用，玩家们褒贬不一。笔者认为游戏中大多数秘密都是通过这一条途径来解决(特别是中后期)，尽管数量多，但与原来靠各种道具挖掘秘密的方法而言，显得变化不足，而且很多是海螺或卢比，带给玩家的往往不是惊喜而是失望。在大地图上，除了部分行动能力的道具，其它道具的存在感相当薄弱。如果削弱这部分收集，仍然需要玩家自行利用手上的道具去发现这些宝藏，游戏的乐趣会更上一层。
4.扭蛋的收集模式简单可过程冗长，同时也是游戏中最后才能完成的收集，正如游戏中台词所说的一样，只适合狂热的爱好者，这也让一些希望完美的玩家抱怨不已。不过游戏很人性地提供了随时记录的功能，只要玩家拥有一定数量的海螺并合理安排的话，还是能够在较短时间内完成这项收集的。
