化州市工商行政管理局的内设机构分工明确，各司其职，确保了日常工作的高效运行。以下是主要部门的职责：
1. 办公室（加挂信息中心）：负责全局的日常协调工作，包括文电处理、会议组织、档案管理、信息传递、新闻宣传、信访处理和统计分析，同时承担综合性调研任务。
2. 人事监察股：负责人事管理和社会保险事宜，指导基层建设和表彰工作，监察、纪检及行风廉政建设，管理机关和直属单位的党群工作以及计划生育工作。
3. 财务股：负责经费预算与决算的编制与审查，管理国有资产，并监督下级工商部门和相关单位的财务活动。
4. 法规股：负责行政案件的审核，行政复议和诉讼案件的应对，组织执法监督和听证，法制工作指导，以及工商行政管理法律、法规的宣传和培训。
5. 登记注册股：主要负责内资企业注册登记，处理外商投资及国（境）外企业常驻代表机构的登记事宜，发布相关公告，并协调相关部门落实个体私营经济发展政策。
6. 企业监督管理股：负责区域内企业经营行为监管，查处违法登记和无照经营，负责年检和验照工作，指导行业协会工作。
7. 经济检查股（与消费者权益保护股合署办公，加挂打击传销办公室）：监督市场行为，查处垄断、不正当竞争、走私贩私等违法违章行为，保护消费者权益，监督商品质量，打击假冒伪劣商品，指导消费权益保护委员会和投诉举报中心。
8. 商标广告管理股：管理商标使用和许可合同，监督商标印制，查处商标侵权行为，负责广告经营资格登记，监管广告活动，打击虚假违法广告，指导广告行业组织。
9. 市场合同管理股：监督市场和经纪人，指导市场治理，协调市场巡查，组织市场活动，实施合同行政监管，打击合同欺诈，办理动产抵押物登记和拍卖行为监管。