武陵山区包括湘西苗族土家族自治州、张家界、沅陵、怀化等地，湖北西南部恩施土家族苗族自治州等地，四川东南部黔江、石柱、秀山、酉阳、彭水等地。
元后明清两代正式进入武陵山区造成起义频繁，明清苗疆保卫战主要重大战役。 一、莽山之战由苗族首领谭应贞、杜回子领导，数万义军对阵二十余万明军决战于莽山。四十八山九溪十八峒的苗族瑶族均遭到血腥屠杀，“大兵征剿，后民十亡六七”，原来瑶人聚居地蕨子坪，因杀戮殆尽，地成废墟，故称“绝子坪”。
二、苗族卓巴同首领领导。明成祖永乐年间（公元1403-1424年），卓巴同领导乖西、巴香一带苗族人民“不服输税”，反抗官府80余次。明宣宗宣德元年（公元1426年）春，土官刘德秀逼税，死于苗民之手。二年义军与明军决战于西巴香山箐，三万余对阵十二万，巴同阵亡。
三、公元1430年至1433年(宣德五年至八年)，苗王吴石尔、白大虫领袖领导的湘西苗民起义，三次打响麓川之役与十二万明军血战四年， 腊尔山“其酋吴不尔，觇官军少，复掠清浪（现岑巩），杀官吏”，“而吴不尔（现苗王城吴氏祖先）等遁入石各野之堡新寨，结筸子坪苗王龙不登等及纠合镇溪梢（现湖南吉首）裹顺义军众攻劫湖广五寨（今湖南凤凰）长官司民寨、白崖等处，为患滋甚”。吴不尔与筸子坪苗族龙三、白大虫领导的武装结合，把起义推向高潮。明宣宗于惊恐之余，调集贵州、湖广、四川数十万明军增援，吴不尔等苗王义军前后抗击明军三十万之众，打响数十余次大战役。
四、其后公元1436年至1460年(正统元年到天顺四年)湘西南芷江、麻城苗民李天宝，以城步长安坪为根据地，李天宝在上堡建都，称“武烈王”（1455）；闻讯而来的湖南、云南、四川官兵七万余人血腥围剿，李天宝被捕杀。
五、湘西草子坪（今湖南省吉首市）苗族在龙母叟，龙求儿（1538）与龙许保、吴黑苗（1545）的率领下，发动大小规模不等的起义反抗。其中龙母叟一龙许保的斗争先后延续了10多年时间，他们在斗争中提出“官有千军万马，我有千山万洞”，“诸葛亮有七纵七擒，我苗人有三紧三慢”。的战术策略，与明官军进行敌来我去，敌去我来；敌进我藏，敌退我出；敌强我退，敌弱我攻的巧妙斗争。当1548年明朝调集湘、黔、川三省官兵与土司兵16万人，分10路围攻义军两年之久后，苗民起义军却在龙许保率领下于1551年（明嘉靖三十年）突然出击黔东北，连破麻阳县、思州府，印江县，石阡府，俘获前述二县知县及思州的知府，震惊了官府。最后以龙许保被叛徒出卖而告终。
六、嘉靖十八年（公元1539年）。腊尔山地区遭受特大旱灾，粮食颗粒无收。百姓赖以取掘草根树皮度日，而明军各卫所驻军和地方官吏，不但不以悯恤，反而横征暴敛，激起了苗族同胞的愤恨，嘉靖十九年（公元1540年）龙塘的龙许保（民间称龙西波）、新寨的吴黑苗又在新寨称“王”，树起义旗（现起义旗还保存完好无损），迫使明王朝再度调集贵州、湖广、四川号称兴师十万明军进行“平苗”，苗族义军“据城防守、潜伏林篝、昼伏夜行”，“官有千军万马，我有千山万洞”“诸葛亮有七纵七擒，我苗人有三紧三慢”，于是“破思州府，执知府李允简等去、知事王月谦、府史孙文丙”，“据印江县，虏知县俆文伯”，“陷石阡府，虏推官邓本忠，焚掠帑藏狱市、知府张邦瑞携印逃”，攻平头、战黄蜡、击铜仁、破省溪、取施溪、夺万山、入麻阳、围凤凰、逼永绥等等，与明军血战13年之久。使明军总督张岳被停职降薪，戴罪督征；都御史万镗奏折“苗贼巢穴猩峱、所居悬崖，鸟道莫可攀跻，且竹篝丛生，弥望无际，贼从内视外则明，每以伏弩得志，我从外视则暗，虽有长技莫施”；贵州“日费千金、入不敷出、官无俸薪”。明万历四十三年（公元1615年），明廷在无可奈何的情况下，采纳参政蔡复一建议，筑了一条从铜仁滑石亭子关到湖南保靖喜鹊营的“边墙”（今南长城的一部分），并在落潮井设“前营”，廖家桥设“后营”，对苗王城苗王辖区的苗族进行军事封锁和力量瓦解，并规定“东苗（熟苗）不能西进，西苗（生苗）不能东入”“凡生苗轶入府县城或屯堡,擒送帐下，把缚虏囚，置高竿，集健卒乱箭射杀之,，复剖裂肢体,，烹啖诸将士。罪轻者裁去耳鼻使去。”但是苗王城辖区的苗族同胞，仍不屈服，反抗仍然不断，长期秘密地“俘劫屯军”和 “熟苗”地区开亲及经济贸易往来，为腊尔山地区苗族反抗明朝斗争做出了应有的贡献
七、1605年（明万历三十三年）在明末农民大起义中，湖西苗民还捣毁禁锢他们的边墙。当大顺军来到湖北荆州、襄阳等地时，湘西筸子坪一带苗族纷纷响应，进攻当地营汛，杀明军官守备、参将，参加李自成队伍，汇入反明斗争的洪流。 崇祯十六年（公元1643年），李自成攻克湖北荆州后，当时“湖南苗僚，尽归于闯王”，苗王城辖区的苗族同胞也积极响应，同仇敌忾。进攻沅洲、新开、盈口、怀化等地营汛，将“苗疆边墙”（即中国南长城）推倒。大顺军1643年（崇祯十六年）在襄阳称新顺王。同年，在 河南汝州（今临汝）歼灭明陕西总督孙传庭的主力，旋乘胜进占西安，建立大顺政权，年号永昌。（后来，李自成因病去世害怕影响士气为了稳定军心，被苗人秘密葬于湖南张家界或湖北省通山县九宫山和粤北湘南的莽山或别的地方至今无从考证，但可确信的是至今苗人任为其守墓及守护着其的宝藏。有如吴黑苗的陵墓被苗人守护保密五百余年一样到今天才被公开解密，苗人重情重义守信用李自成的陵墓及宝藏将被苗人保密千年。） 乾隆六十年（1795）正月，贵州松桃，湖南永绥(今花垣)、凤凰、干州(今吉首)等地苗族农民在白莲教反清宣传的影响下，为反抗官府、地主、高利贷者的剥削与压迫，由石柳邓、石三保、吴八月、吴半生(本名吴天半)等人领导，发动起义。起义苗民提出“逐客民(指满、汉地主、官吏)、收复地”的口号，以“穷苦人跟我走，大户官吏我不饶”为号召，各地苗、汉、土家、侗族人民奋起响应起义势力很快发展到黔东北、湘西及川东三省接壤的广大地区。同年二三月间，清政府调遣云贵总督福康安、四川总督和琳、湖广总督福宁率领七省兵力十余万人，分路镇压。起义军以“敌有万兵，我有万山，其来我去，其去我来”的战术，四处出击。吴八月在干州狗拜岩战役中，歼灭福宁所率六千余人，福宁仅以身免。吴半生在凤凰厅大鸟巢河一带，阻击福康安达半年之久。八月，聚集在平陇的起义军推吴八月为苗王，石柳邓、石三保为将军。清政府为摆脱困境，采用剿抚并用的措施。九月，吴半生被奸细俘获。十二月，吴八月因叛徒出卖被俘。嘉庆元年(1796)六月，石三保又被叛徒诱至坳溪被俘。由于起义领袖相继遇害，起义军开始失利。九月，清廷委任额勒登保代替先后病死军中的福康安与和琳为统帅，调集重兵围攻起义军，至十二月，起义军的最后据点石隆寨失陷，石柳邓战死于贵鱼坡，起义失败。
