最先采用“妖怪学”这个术语的，是在这方面研究卓有成效的、被誉为“妖怪博士”的哲学家井上圆了（现代日本著名佛教哲学思想家、教育家。其著作涉及佛教、宗教理论、哲学、教育、伦理等诸多领域） 。他在明治十九年（1886年）创建了“不思议研究会”，次年便以“不思议室主人”的名义刊行了他的《妖怪玄谈》；1891年，妖怪研究会成立，然后到全国各地讲演，搜集各种怪谈、怪异资料，并于1893年至1894年刊行了他的大作《妖怪学讲义》，使妖怪学研究在日本流行起来。到了1923年，这一研究又出现了新的视点，江马从历史学的角度推出了他的《日本妖怪变化史》，通过对妖怪形象变化的分析，探讨人的主观感情和客观社会存在变化的现象，得出古人认为怪异的“幻化物”，今人却不一定认为是“妖怪”的结论。1936年，柳田国男又从民俗学的角度，研究这些怪异、怪谈，发表了他的《妖怪谈义》，他认为：妖怪和幽灵不同，妖怪是神沦落到凡间，出没在旷野；幽灵则是附着于人身的阴魂。他们采集了全国的妖怪种目，于1939年出版了《全国妖怪事典》，从此对妖怪的研究，成了对民间信仰研究的一部分。尔后，还不断有这方面的著作问世，如《都市百鬼夜行的见闻》（1994年）、《江户时代东京怪异文化的创立与变迁》（1997年）、《世界妖精，妖怪事典》（2001年），真是硕果累累，并将其拓展至文学、戏剧、绘画、音乐、雕塑、博物、历史等领域。2000年，朝日新闻社还举办了《大妖怪展》，在京都，神户、神冈、岐阜巡回展出；2001年佐仓市国立民俗博物馆还举办了《异界万花镜》的展览，获得了好评。他们认为，研究妖怪，实际上是为了研究人，研究人类社会。
现在日本，关于妖怪的传说仍然不断。在三重县通往御在所岳的山腰上，就有一座废弃的温泉宾馆，据说那里经常闹鬼，没人敢住。在长野县安县昙野的山间，像那样被荒废的温泉别墅多的是，有说是妖怪作祟的，有说是泡沫经济造成的———那么泡沫经济也是个“妖怪”了。“妖怪”已成为人们生活中的玩偶———在儿童的玩具堆里，在卡通片中，在各种祭典的仪式上，在欢庆新年的红白歌会的赛事中，在田间地头，都可见到“妖怪”的偶像，人们已经见怪不怪了。
