东营市教育局下属的各个职能机构分工明确，致力于教育事业的全面发展。首先，市教育科学研究院负责教育科学研究规划的制定和实施，研究教育理论与政策的执行，推进教学改革，组织教学常规和教科研活动，对考试评价、教学质量监控以及教育科研成果评审等工作进行指导和管理。
市学校体育卫生与艺术教育办公室则主要负责全市学校体育、卫生、艺术教育的管理和指导，以及国防教育和学生军训的协调工作，推进相关教研和教改活动。
市教育信息中心承担电化教育教学的管理、研究和培训，规划和建设教育网络，管理教育网站和信息资源库。
市招生委员会办公室负责各类学校招生考试的组织，包括招生政策调研和考风考纪工作。
市高等教育自学考试办公室负责高等教育自学考试的规划和实施，包括各类考试的管理工作和考生档案管理。
东营市的教育信息化方面，市教育电视台负责转播教育节目，自办教育专题，并参与远程教育建设和信息化建设。
市学生资助管理中心负责学生资助管理，包括各类学校的经济困难学生资助、奖学金、助学金等事务，以及大学生生源地信用助学贷款的管理工作。
市教师培训办公室则负责教师培训和继续教育，协调教师培训基地建设和语言文字工作，包括普通话推广和校园经济规划。
最后，市教育条件装备办公室负责中小学实验室建设，仪器设备配备，以及体育、艺术、卫生和电教器材的质量检查和管理工作，同时还指导勤工俭学和校园经济活动。
东营市教育局是主管全市教育事业的市政府工作部门，为正处级。与市委教育工作委员会合署办公。