红旗满族乡的早期历史可以追溯到原双城县第四区和第五区时期。1953年，这个地区被划归至哈尔滨市，正式成为王岗区的一部分。紧接着，在1956年3月，乡村组织结构进行调整，平等乡应运而生，通过并村划乡的方式设立。
随后，1958年，平等乡更名为平等人民公社，归属于南岗区的行政管理。然而，行政区划的变动并未停止，1963年3月，红旗乡再次归属滨江区管辖。进入动荡的“文化大革命”初期，它又改称为红旗公社，这一时期见证了历史的波折。
1972年8月，红旗乡再次回归南岗区的管辖之下。到了1984年，随着政社分开的改革，红旗乡正式转变为现在的行政体制。1989年4月，一个重要的变化发生了，红旗乡被升级为红旗满族乡，满族人口的比例超过了全乡总人口的30%，显示出其民族多元性的特点。
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红旗满族乡隶属黑龙江省哈尔滨市南岗区管辖。位于市境南部，东临平房区，南以运粮河与双城市分界，西邻道里区，北靠王岗镇。属远郊乡镇，但交通便利，京哈公路、哈双南线公路纵贯南北。