蒙自市的行政区划历经多次调整。到2012年，该市已经划分为7个镇、2个乡和2个民族乡，具体包括文澜镇、草坝镇、雨过铺镇、新安所镇、芷村镇、鸣鹫苗族镇以及冷泉镇，另外还有水田乡、西北勒乡和两个苗族乡——期路白苗族乡、老寨苗族乡。市政府办公地点设在文澜镇。
在1997年的行政区划中，蒙自市包含了5个镇和9个乡，这些镇包括文澜镇、新安所镇、芷村镇、雨过铺镇和草坝镇，乡则有西北勒乡、鸣鹫苗族乡、老寨苗族乡、十里铺乡、多法勒壮族乡、红寨乡、冷泉乡、期路白苗族乡以及水田乡。
2000年的第五次人口普查显示，蒙自市总人口为340,051人，各个镇乡的人口分布如下：文澜镇74,587人，草坝镇36,437人，雨过铺镇22,116人，新安所镇34,719人，芷村镇32,990人，多法勒壮族乡25,046人，期路白苗族乡15,679人，老寨苗族乡11,155人，鸣鹫苗族乡16,843人，十里铺乡18,707人，红寨乡16,305人，冷泉乡20,488人，水田乡6,424人，西北勒乡8,555人。
2002年，蒙自的行政区划进一步细化，设有10个镇，4个乡，共84个村委会和11个社区，覆盖689个自然村，反映出城市化进程中的基层行政区划变迁。
2003年4月25日，云政复[2003]33号文件决定撤销文澜镇、红寨镇、十里铺镇和多法勤镇，整合设立新的文澜镇，这体现了蒙自市行政区划管理中适时的调整和优化。
蒙自历史悠久，文化厚重，物华天宝，人杰地灵，是红河哈尼族彝族自治州首府，是全州的政治、经济、文化、科技、交通中心，也是滇南中心城市核心区。全市国土面积2228平方公里，其中坝区面积544.2平方公里，占总面积的24.4%，主城区面积30.1平方公里，辖区内有省级蒙自经济开发区和省级红河工业园区。蒙自，这座美丽的城市，正站在新的历史起点，迈向厚积薄发、科学发展的新征程，计划用10年左右的时间，在昆（明）河（内）国际经济走廊节点上建成一座人口上百万，最适宜人居、创业的中国滇南面向东南亚的现代化开放城市。