(1)培养目标不同
学术型硕士研究生培养的目标是要培养学风严谨，重视理论联系实际;掌握本学科坚实的基础理论和系统的专业知识;具有从事医学科学研究工作或独立担负专门技术工作的能力专业人才。
专业型硕士研究生培养的目标是要求具有较强的临床分析和思维能力，能独立处理本学科领域内的常见病，能对下级医师进行业务指导，达到住院医师规范化培训第一阶段培训结束时要求的临床工作水平。
(2)培养的过程不同
学术型研究生主要由导师制定其3年的学习、临床和科研工作计划，主要在导师所在的学科进行科研和临床工作。
专业型研究生(临床医学和口腔医学)入学后全部参加浙江省住院医师规范化培训，接受培训管理。
(3)获得毕业证书标准不同
学术型研究生完成学位论文答辩后即可毕业。
专业型研究生(临床医学和口腔医学)需完成学位论文答辩，并通过学校临床能力毕业考核，同时需取得执业医师资格证书和住院医师规范化培训合格证书方可毕业。
(4)考试科目不同。
按教育部要求，2017年起医学学术学位硕士研究生初试业务课科目由招生单位按一级学科自主命题。学术学位的考试科目：中医综合包括：《中医基础理论》、《中医诊断学》、《方剂学》、《中药学》、《中医内科学》、《针灸学》6门，由我校自命题，考纲参考本科教学大纲;西医综合包括：《生理学》、《生物化学》、《病理学》、《内科学》、《外科学》5门，由我校自命题，考纲参考本科教学大纲;卫生综合包括：《流行病学》、《统计学》、《环境卫生学》、《职业卫生学》、《营养卫生学》、《卫生毒理学》6门由我校自命题，考纲参考本科教学大纲。具体自命题科目参照我校招生简章。专业学位由国家统一命题。