隋仁寿年（ 601-604 ），禅宗三祖僧璨在毗邻新余的吉州传衣法给四祖道信，道信居赣二十余年，曾开法传徒于吉州。就在四祖接受衣钵后的大业年间（611），邑人唐兴舍宅为寺，取名唐兴寺。宋开宝年间（ 968-976 ），改名安和寺。宋太平兴国五年（ 980 ），太宗赵炅赐额“崇庆寺”。 元代中后期，崇庆寺进行了维修。新余籍诗人傅若金在他的两首纪游诗中，盛赞崇庆寺“绀柱明蛛网，青莲映玉台”、“半岭晨飞锡，诸天昼雨花”的庄严妙景。元末壬辰年（ 1352 ）寺庙毁于战乱。明洪武三年（ 1370 ）重建，为一邑之胜。邑人刘松有联句咏曰：“龙泉寺古山连郭，花雨堂虚月到钟”。极赞崇庆寺的高古之美、月夜之美以及钟声之美！ 在中国古代，佛寺常常是一个又一个穷书生发奋读书的栖息之所、圆梦之地。新余籍历史名人——曾任大理寺少卿的张固就与崇庆寺结下了不解奇缘，留下了出尘之人与读书之人相识相知、携手共修毗卢阁的佳话。这位出尘之人就是明代前期崇庆寺的住持岩石，岩石法师性恬适，有古人风。他禅修自足，以如来相证如来果。张固入仕前常来寺中，认识了岩石，与岩石过从甚密，岩石劝张固读书砺行，张固感其真诚，顺从其意，刻苦读书。后来张固考中进士。于是两人合计整修毗卢阁。张固捐资，岩石负责施工，数月之间，便告竣工。游观其中，只见毗卢阁前接大雄宝殿，西枕本寺之木鱼山，后临雨花台，东映于本寺之兰堂书社，四境联络，巧若天成。张固喜不自禁，携岩石之手说：“师前以此居我，我兹还以为老师憩息所，即此写相识，快乎不快”！岩石说：“必刻石以垂不朽”。于是张固挥笔写下了《重修毗卢阁碑记》，刻石立于毗卢阁前。尔后，太仆丞张春曾经傍晚登临毗卢阁，赋诗赞美“夕照崇庆寺、月映毗卢阁”的妙景，有“攀林踏阁招同调，步月看云非异乡”之句。
明崇祯年间（ 1628-1644 ），又增建武当行宫与寺后。明末清初，屡经兵燹，殿庑十存一二。康熙丁卯年（ 1687 ），吉州僧玉璞驻锡于此，首先修复毗卢阁。次年又募建大雄宝殿及前殿上下左右廊房，山门佛像焕然一新。康熙戊寅年春（ 1698 ），知县李延宰在寺西旧址建亭，并在其间种树凿池，杂莳花木，时来寺中，以作为办公之余游憩之所。这样崇庆寺又成了衙门官员参游之地。有一个夏日，李延宰下乡劝课农桑，顺路来到寺中，作《夏日出西郊看雨至崇庆寺诗》盛赞寺景：“青山四面开禅境，翠竹千杆静法王”，此后有知县张景苍复建寒碧亭于山后。张景苍对佛学颇有心得，他曾斋宿寺中，看了孝廉赵帝云题于壁上的诗文，于是依照赵诗用韵，写下了四首唱和诗。诗中以景化情，有“露从清处远，花在静中香”等富含禅意的佳句。
由于崇庆寺为天地灵气之所钟，故为新余县历代胜境，吸引了许许多多文人雅客前来游览。他们往往发怀古之幽情，留下了不少佳言妙句，如“霜气欺人催菊老，磬声唤客看云飞”（《张钟瀛过崇庆寺步壁间韵》），“满院翠帏参玉版，弥天花雨界金绳”（《李曰官庚午首春饭崇庆禅林作》）等。我国近代著名画家傅抱石先生，祖籍新余，其早期作品常以崇庆寺为景，他以“师古人之心，不师古人之迹”的指导原则，在传统与革新之中独具建树，开创了我国国画流派新纪元。
崇庆寺自创建以来，历经隋、唐、南唐、宋、元、明、清七朝和民国时期，在 1400 年的缘起缘灭中，饱经沧桑，几度兴毁。建国初期，崇庆寺保持了它最后一次重建的风格——清代穿斗式单檐木结构建筑，仅存大殿及西配殿和西僧舍。 1958 年，崇庆寺仅剩的殿堂和僧舍被改作他用。
2001年新余市将崇庆寺迁建到市城北仰天岗的九龙坡，四周环山、气势灵奇，同年6月礼请江西省佛教协会通能法师（法号道云）来新余主持重建工作。承蒙省、市、区各级领导的高度重视和大力支持及本寺两序大众、海内外诸山长老、渝水区佛教居士林等十方檀越信众的积极护持。于2002年底完成了第一期工程（大雄宝殿、斋堂、僧寮、海会塔）建设，2005年第二期工程（天王殿、山门、钟楼、七宝池）竣工，目前，常住僧众达20余人。
2005年7月10日，全国政协常委、江西省政协副主席、中国佛教协会会长、江西省佛教协会会长一诚长老亲临崇庆寺视察，得到了他的首肯和赞叹，并撰作对联：“崇祖训建丛林龙泉新址启佛域；庆盛时立规制古刹重兴叩圣钟”。
