法医学的研究方法有计算机、医学、生物学、化学和物理学五类。 医学的研究方法最主要的是尸体剖验。包括肉眼观察研究和取器官组织检材制作组织切片，并染色进行显微镜下检查和组织化学检查。为研究超微结构和测定微量金届含量还可应用电子显微镜观察和微区分析。
此外，还可根据需要提取相应检材作化学和生物学检查。其次是临床医学检查，应用临床知识对活体进行诊察，确定活体的生理、病理状态，解决医疗事故中的医疗责任以及传染病、中毒、公害的法律问题等。 世界各国的法医学定位并不相同，视法规不同而可大略分为欧洲大陆法系和英美海洋法系两大群。中国属于那一群呢？当然是欧陆法系，这要从德国哲学家马克思说起，马克思的哲学体系根植于德国博大精深的文化中，吸取了费尔巴哈的唯物论，黑格尔的辩证法，从而创立了马克思主义哲学体系，自从五四运动以后，马克思主义理论在中国逐渐取得意识形态的正统地位，这也就意味着以传统儒家思想为核心的中华法系的解体，而马克思主义的理论直接影响了《中华人民共和国宪法》体系的构建，也就决定了中国的社会性质是欧陆法系的国家，所以现当代中国的法系和德意志-罗马法系（欧洲大陆法系）是一脉相承的，区别于英美海洋法系。 法医学作为一门与法学相关联的应用科学，自然要受到法律的规定，作为欧陆法系的国家，中国的法医学高度扩张，排斥临床医学的介入，除了把调查死亡原因作为法医学的重要任务外，还担负着司法鉴定、以及维系人类健康和促进科学进步的使命。例如，在人类基因组计划中，中国代表团1%的测序任务就是由西安交通大学法医学系的一批教授完成的。而我们看到的更多的影视作品中（由于中国把英语作为第一外语，所以更多接触的是英美法系的影视作品），更多理解中的法医学就是尸体解剖（法医病理学），而这更多的是法医病理学的任务，像法医临床学所从事的是活体医学（例如，医疗纠纷、伤残评定等）的检验鉴定，法医物证学（例如，亲子鉴定)、法医毒物学（例如，毒药物分析）更多的还要在实验室工作，不一定要接触尸体。另外，法医精神病鉴定更多的是要评定作案人作案时的精神状况，也不一定要接触尸体。当然法医病理学（尸体解剖）肯定是法医学重要的基础课了。 而在英国、美国、中国香港、新加坡等英美法系地区，对于解剖的认定则较为松散，只要发现死者之死因非自然死，即可进行解剖，因此在英美两国之尸体解剖率较诸欧陆法系国家高出许多。在法医的养成方面，英美法系地区多以病理医生从事之，因法医学在英美两国之定义几乎等同于法医病理学；而欧陆法系之国家则有较为完善之法医专科医师的训练制度。无论在人才培养还是在司法制度上，两大法系也有很大区别，一般来说，在美国（由于是一个崇尚法治的国家），对法医从业人员的要求也较为严苛，在美国要想成为法医，需要在大学获得医学学位，然后还要进行长达5-10年的专业训练才能成为一名合格的法医，其所提供的专家证言才能为法庭所采信。而中国则形成了有中国特色的法医学体制，中国的法医更像一个“杂家”，从现场勘查照相到检查伤者，从检验血痕到化验毒物，从解剖尸体到检查骨骸，再到医疗纠纷鉴定几乎无所不为。
展望未来，既然传统的以儒家思想为核心的维护封建主义生产关系的中华法系已经走向解体，马克思主义成为了中华人民共和国正统的意识形态，那么新中国的法医学事业就应该摆脱“生体发肤，授之父母，不可毁伤。”的传统伦理观念，以及“妖魔鬼怪”等封建迷信思想的束缚，而应该成为以求“真”的科学精神、以求“善”的人文精神为价值取向，以自然辩证法（科学技术哲学）为最高认识论与方法论指导的科学。从而为社会主义法治社会的建设注入新的生命力。总的说来，法医学是一门最需要博学的人道职业，学者需博极医源精勤不倦。 法医临床鉴定，俗称活体损伤鉴定。法医临床鉴定，是指法医运用临床医学的理论和技术，对涉及与法律有关的临床医学问题进行鉴定和评定。其主要内容包括：人身损伤程度鉴定、损伤与疾病关系评定、道路交通事故受伤人员伤残程度评定、职工工伤与职业病致残程度评定、劳动能力评定、活体年龄鉴定、性功能鉴定、诈病（伤）及造作病（伤）鉴定、致伤物和致伤方式推断等。活体损伤的鉴定是以活体为主要研究对象，运用临床医学的理论与技术，研究并解决涉及法律问题的人体伤、残及其他生理、病理等问题。 法医临床鉴定主要涉及以下内容：一是损伤程度的鉴定。这法医是活体检查中最常见的内容，确定损伤的性质与程度、推定致伤物体与作用方式、估价损伤的预后及可能发生的后遗症。其中的损伤程度鉴定直接关系到定罪与量刑，民事赔偿和治安行政处罚。根据损伤的严重程度分为重伤、轻伤和轻微伤。二是伤残程度与劳动能力鉴定。鉴定时须参考与残疾程度鉴定有关的法规，主要有道路交通事故伤残十级分类法，职业伤与职业病致残程度鉴定标准，人身保险伤残程度分类表等。三是性问题鉴定，检验是否被强奸，有无性病传染，有无妊娠分娩，是否堕胎，确定性功能状态。四是疾病的诊察确定现有疾病与损伤的因果关系。疾病是否由损伤所引起，或原有疾病因损伤而加重、恶化。五是诈病（伤）及造作病（伤）鉴定，诈病是身体健康的人为了达到个人目的伪装有病，如伪装肢体瘫痪或伪装精神病，造作病是故意毁损自己或授意别人毁损自己造成的损伤或疾病。六是医疗纠纷司法鉴定，在医疗过程中医患之间产生难以解决的问题，引起法律诉讼，就需要启动医疗纠纷司法鉴定程序作出一个中立客观的裁决。
1、损伤程度鉴定 从原始损伤及损伤所致功能障碍两方面，对人身伤害案件中的被害人的损伤轻重程度进行评定，为刑事案件的处理及行政处罚提供依据。使用标准有《人体损伤程度鉴定标准》。 2、伤残程度鉴定 为人身损害赔偿案件提供依据。如：人身损害、交通事故、工伤事故中的受害的残疾程度评定。使用标准有《人体损伤致残程度鉴定标准（试行）》、《道路交通事故受伤人员伤残评定》、《劳动能力鉴定 职工工伤与职业病致残等级》等。 3、医疗纠纷鉴定 为医疗损害赔偿案件提供依据。鉴定内容一般包括三个方面：医院医疗行为有无过错，被鉴定人（患者）是否存在不良后果，以及医疗过错与不良后果间的因果关系。 4、保险鉴定 与保险有关的事项进行鉴定，如：保险理赔中涉及残疾评定，是否符合重大疾病、失能豁免保费条件的鉴定。 5、保外就医，暂不予收监鉴定 内容包括：对被判处有期徒刑的罪犯是否可以暂不收监，以及正在服刑的罪犯是否可以保外就医进行鉴定。 6、护理依赖程度鉴定 对具有严重残疾的被鉴定人，在情况稳定之后，是否仍然需要他人帮助以维系日常生活，以及需要他人帮助的程度进行鉴定。护理依赖程度分3级：部分护理依赖，大部分护理依赖，完全护理依赖。依据《人身损害护理依赖程度评定（GA/T800-2008）》。 7、三期鉴定（误工期、营养期、护理期）
由于损伤导致伤者日常生活能力临下降，或者不能完成相关工作而导致经济损失，或重大损伤需要补充营养的，按照相关标准进行鉴定。 8、其它 损伤判定——对外伤所致的人体伤害进行描述。 伤病关系——对被鉴定人的伤害结果进行分析，评价损伤与疾病在其中的参与程度。 致伤物推断——根据损伤表现分析致伤物体的性状。 致伤方式——根据损伤表现分析形成损伤的机制。 家庭暴力鉴定——通过建立家庭暴力损伤档案，记录多次受伤情况，为虐待罪的定罪量刑提供依据。 临床法医学鉴定：临床法医学鉴定人根据司法机关或有关部门的委托鉴定要求，运用临床医学、法医学和其他学科的理论和技术，对被鉴定人进行检查，再根据我国现行公布实施的法律条款按鉴定事项讨论分析，作出相应的临床法医学鉴定结论的过程。 补充鉴定：对于提出新的问题或提供新的资料，要求原鉴定人复验、修正内容或补充意见者，称补充鉴定。 重新/再鉴定：如委托机关或当事人和辩护人对鉴定结论不满意，或出现意见不同的鉴定结论时，将原案另行委托他人鉴定者，称作重新鉴定。 联合鉴定：在鉴定工作中有时遇到所鉴定的问题涉及面广、专业性强、难度大或因用的法律条规不完善而难于作出准确结论时，常聘请有关临床专家和其他法医进行联合鉴定。 重伤（grave bodily injury）：是指有危及生命、或者并发症危及生命的损伤，损伤造成重要器官的破损或严重的功能障碍。①直接危及生命②直接引起危及生命严重并发症③直接引起严重后遗症④引起重要器官严重丧失功能的⑤引起肢体残废⑥引起毁容。 轻伤（flesh injury）：是指物理化学及生物等各种外界因素作用于人体，造成组织、器官结构的一定程度的损害或者部分功能障碍，但不危及生命和造成严重残废的损伤，尚未构成重伤又不属于轻微伤的损伤。
轻微伤（slight bodily injury）：是指造成人体局部组织器官结构的轻微损伤或短暂的功能障碍，不足以造成人身健康明显伤害，恢复后一般不遗留明显后遗症。 劳动能力丧失：劳动能力是指人类进行劳动工作的能力，包括脑力劳动和体力劳动的总合。劳动能力丧失是指损伤、疾病、衰老等原因引起的原油劳动能力减弱或消失，使机体与所从事的劳动工作之间的不相适应。
事故参与度：是指意外事故中死亡、伤残、后遗症，若混杂着即存疾病、老化等多种因素等，判定事故参与死亡伤残、后遗症等结果的程度的一种比例关系指标，反映了事故与即存疾病等因素间的责任关系，用以确定意外事故的民事责任程度。
诈病（simulation）：为了达到某种目的，身体健康的人假装患有某种疾病。
造作伤（artificial injury）：为达到某种目的，自己或授意他人对自己身体造成伤害的，或故意夸大、改变原有伤情，称为造作伤。
虐待（maltreat,abuse）：经常遭到家庭成员或照顾人故意造成的精神或肉体上的折磨、摧残和迫害称虐待。
