医学系目前是我院规模最大的系部，是在有着半个世纪办学历史的黄山卫校基础上成立的，在黄山职业技术学院建设征程中扮演了重要角色。专业设置包括护理、助产、医药营销、医学影像技术、康复保健、营养与保健等专业，其中护理专业为省级重点建设专业， 2012年被确定为中央财政支持高等职业学校提升专业服务产业发展能力项目的专业。学历有三个层次，即高中起点的全日制三年制高职、初中起点的五年制高职及初中起点的三年制中专。
系部下设护理教研室、外科教研室、内科教研室、公共卫生教研室、医学基础教研室、药学教研室，拥有一批经验丰富极具活力的师资队伍，专业教师47名，其中副高级以上职称教师16名，占34%；硕士及在读硕士学历教师29名，占61.7%； “双师”型教师人数17名，占45.9%；专业带头人6名，骨干教师8名，是一支结构合理、素质优良的教师队伍。从2000年起至今护理教研室连续被评为黄山市“青年文明号”、2006年荣获市直卫生系统“巾帼文明岗”称号、2007年荣获全国“巾帼文明岗”称号、2008年3月又获全国“三八红旗先进集体”的光荣称号。学院新建现代化的实训中心，其中护理专业实训室约4200平方米，完全能够满足学生的实验与实训操作。
医学系非常重视教师教科研能力的提高，承担多项省级教改及科研项目的实施，主持专业课程的开发与教材编写。自2003年医学系教师主编、参编了教育部“技能型紧缺人才培养培训工程教材”、“面向21世纪全国卫生职业教育系列教改教材”、省部级卫生职业院校规划教材二十余部。其中三年制高职高专教材《老年病学》、《妇产科学》、《生物化学》和《解剖组胚学》（上册）被评为教育部普通高等教育“十一五”国家级规划教材及全国医药高等学校规划教材。目前，医学系有2项省级教学研究项目、 3门院级精品课程、2门院级优质课程和5项院级教学研究课题。
自成立以来，医学系在院领导的支持与相关部门的配合下，积极探讨新时期培养医学职业人才的模式与方法。以培养职业技能为核心，全面发展学生的综合素质。培养出的学生因技能过硬、综合素质强而广受用人单位欢迎。现有省内外实习医院72家。五年制高职学生就业率均达到100%，在省内同类院校名列前茅。近年来我系学生在全省职业院校护理职业技能大赛中成绩优异，并代表安徽省参加全国职业院校护理技能大赛。 自旅游系成立至2012年止，现设有旅游管理、酒店管理、网络营销、计算机应用技术、会计与审计五个专业，学制有高中起点三年制大专，初中起点五年制大专、三年制中专。我系力量雄厚，实验手段完备，设有旅游实训楼、计算机专业机房，着重培养学生职业应用能力，为旅游业和信息技术应用输送相应的人才。
旅游系现有专任教师9人，中高级职称以上有4人，硕士学位及以上的有7人，双师型教师3人，还聘请一批企事业单位的具有实战经验兼职教师，拥有一支高学历、高素质、高热情的师资团队，他们有着丰富的教学经验及各具特色的教学方法，在教学改革和科研方面都取得了一定的成绩。
旅游系各专业就业前景广阔，旅游相关专业的就业方向主要为旅游景区、大中型星级宾馆、旅行社、国内综合型的旅游集团以及部分旅游行政管理部门等。计算机相关专业的就业方向广泛，遍及IT行业的软件编程、网络维护、平面设计、网页设计、硬件维护、营销、组装等各个方面。
旅游系是一个团结向上，开拓进取的集体，我们相信：在学院党委的正确领导和社会各界的全力支持配合下，旅游系的明天会更辉煌。 生物工程系成立于2012年9月，前身为屯溪茶业茶校（1918年建校、1953年复校，1998年更名为黄山茶业学校），办学力量雄厚。本着“实践与理论并重，技术与人文融通”的办学理念，坚持以育人为根本，以教学为中心，以服务为宗旨，以就业为导向，走产学结合的办学路子，培养适应生产、管理、服务第一线需要的德、智、体、美全面发展的，具有必要的理论知识、较强的实践技能、良好职业道德的高技能人才。
生物工程系现开设有园林技术、园林建筑、茶叶生产加工技术、茶艺等专业。其中茶叶生产加工技术、茶艺专业是学院特色专业，也是全省高职院校中我院特有专业。
全系现有校内专职教师（含实验师）25人，均为“双师”型教师，其中副高级以上职称教师12人，中级职称教师12人，硕士及在读硕士学位6人，是一支重视教育教学实践，注重教改科研活动，有着较高学术造诣的师资团队。
生物工程系有较完备的专业实验室、实训室，与企事业单位共建校外实训基地10余家，较好地满足了学生实习实训和职业技能培训的需要，98%以上的学生都能持有“双证书”就业，毕业生在社会和用人单位树立了良好的形象和声誉。
