德保县国家税务局设有七个正股级内设机构，分别为办公室、政策法规股、收入核算股、纳税服务股（办税服务厅）、征收管理股、人事教育股和监察室。此外，还设有机关党办，同样级别为正股级。
1. 办公室: 负责制定年度工作计划、工作制度，处理日常政务，起草审核文件，负责督查督办、会议组织、秘书事务、文电处理、档案管理、保密等工作。还包括财务、后勤保障、采购、政务公开、接待、行政事务管理等。
2. 政策法规股: 主要负责增值税、消费税、所得税等税种的政策业务，以及增值税专用发票管理和进出口税收政策的实施监督。此外，还负责涉税法律事务、执法检查、税收执法质量考核等。
3. 收入核算股: 负责税收计划编制、税款征收管理，税收收入分析预测，监控重点税源，进行税收会计和统计核算，并负责税收票证管理和数据综合管理。
4. 纳税服务股（办税服务厅）: 协调落实纳税服务，组织纳税服务规范，保障纳税人权益，提供纳税辅导、咨询服务，处理纳税人投诉，推进税收信用体系建设等。
5. 征收管理股: 执行税收征管法规，管理欠缴税款，实施纳税评估，负责税务登记、发票管理、税款征收等管理工作，并负责金税工程的推广。
6. 人事教育股: 负责人事管理制度的研究与执行，包括人事任免、考核、培训、离退休干部管理等，负责思想政治工作、精神文明建设和教育培训。
7. 监察室: 负责贯彻执行党的路线方针和税收法规，进行党的纪律检查、行政监察，受理违法违纪案件，以及信访举报工作。
机关党办则负责党群工作，包括党建工作、精神文明建设、统一战线工作和工会、共青团、妇委会的指导协调。