铁路建设项目的管理机构在项目实施中起着关键作用，是实现建设目标的主要责任方。建设管理单位由项目投资人选定或设立，投资人需明确其职责和权限，并监督其工作执行。
对于由中央政府直接投资的铁路项目，国务院铁路部门会根据项目特性指定建设管理单位。而在实行项目法人责任制的项目中，项目法人负责选择或组建建设单位。其他项目则遵循国家规定并参照相关规定进行选择或组建。
合格的建设管理单位必须是依法设立、专长于铁路建设的企业或具有独立法人资格的事业单位。它们需具备管理同类项目的成功经验，项目质量优良，投资控制到位，并通过运输检验。此外，单位负责人、技术负责人和财务负责人需具备相应的学历和专业知识，且在相关领域有实践经验并证明其能力。
建设管理单位的主要职责包括：执行国家和铁路主管部门的建设方针、政策，组织并确保项目按批准规模、技术标准进行，对工程质量、安全、工期和投资负责；负责招标和合同签订；办理工程质量监督；进行征地拆迁，审批工程开工报告；编制施工组织设计和财务预算；协调工程问题，统计工程进度；管理变更设计，参与事故调查；负责财务工作，进行结算；进行工程验工计价，组织竣工验收等。
部门规章。于2003年7月11日公布，自2003年10月1日起施行。是铁道部为加强铁路建设管理，规范铁路建设行为，提高铁路建设水平，根据有关法律、法规而制定。《办法》涵盖新建、改建铁路建设项目的立项决策、勘察设计、工程实施、竣工验收等全部建设活动，共十三章八十二条，是铁路建设行为的规范性文件。