文山壮族苗族自治州环境保护局根据其职责，内部设有多个专门负责不同领域的科室，以确保环境保护工作的高效进行。
首先，办公室负责处理日常行政事务，包括文秘、信息、机要、档案、保密等工作，同时管理机构编制和人事，指导环保机构队伍建设，负责党群工作和政务公开，还承担七彩云南文山保护行动的办公室工作。
规划财务科负责环境保护规划的编制、评估和财政专项资金的申报，组织能力建设和基础设施项目实施，管理财务和固定资产，编制预算和监督资金使用，负责国际合作项目管理和履约工作，以及处理涉外环境保护事务。
政策法规与宣传教育科参与法规起草，负责环保执法检查和行政处罚的审查，推动环保宣传、教育和培训，协调绿色创建工作，并负责新闻宣传和新闻发布。
污染物排放总量控制科（环境监测科）负责总量控制和排污许可证制度，进行环境统计，监督减排工作，负责环境监测和信息发布。
环境影响评价科协调政策、规划和建设项目环境影响评价，审批环境影响评价文件和建设项目验收，对环评机构实施监管。
污染防治科制定和实施污染防治法规，监督饮用水水源地、城乡环境和重点河流的污染防治，推动环保产业发展。
自然生态保护科负责生态保护规划，评估生态环境质量，监督保护区和生态农业建设，协调生物多样性保护工作。
最后，核安全与辐射环境管理科负责核安全、辐射环境管理和放射性废物监督，处理核辐射相关许可和应急事宜。