应用技术学院的前身是“重庆河运学校”,创建于1956年3月。创建初期的校名为“交通部重庆航务工程学校”,是当时交通部设在西南地区的唯一一所为我国内河水系和沿海培养交通人才的中等专业学校,由交通部直接领导。1958年9月,学校下放四川交通厅管理,更名为“四川省重庆航务学校”;1962年7月,“四川省重庆航务学校”与“重庆长江航运学校”两校合并,更名为“重庆河运学校”,由交通部委托长江航运管理局领导;1997年11月,“重庆河运学校”更名为“重庆交通学校”;1999年12月,“重庆交通学校”划归当时的重庆交通学院管理,目前是重庆交通大学所属的二级学院。主要承担本、专科学历教育,并开展职业技术培训与职业技能鉴定。