南京市第一医院拥有一支实力强大的专家团队，其中包括马建华主任医师，他担任内分泌科主任，是中国中西医结合学会江苏省内分泌分会的副主任委员，也是中华医学会江苏省和南京市内分泌分会的委员。作为213人才工程培养对象，马建华在糖尿病等内分泌疾病的诊治方面积累了丰富的经验。他的科研成果显著，曾两次荣获南京市卫生局科技进步奖，其中“胰岛素泵强化治疗”项目更是荣获江苏省新技术引进一等奖。他还积极参与国际糖尿病和甲亢领域的交流，如ADA和EASD年会，发表了多篇学术论文。
另一位是陈绍良主任医师，他不仅是教授，还是硕士生导师，自1998年起在南京市第一医院心内科服务患者。陈主任致力于引进和研究新技术，他在中国心血管领域有着突出贡献。1998年，他率先在江苏省及国内进行了急性心肌梗塞的急诊介入治疗，并组建了国内多中心的研究团队，这项成果荣获江苏省科技进步二等奖。同年，他引进并推广了两项冠心病介入治疗新技术，如经皮切割球囊成形术与冠状动脉内超声，分别获得了科技进步三等奖和省卫生厅新技术引进二等奖。1999年，他又开展了静脉包被支架的实验与临床研究，其论文发表在《中国循环杂志》上。此外，陈主任还积极推进先心病介入治疗、肥厚性心肌病化学消蚀术以及急性夹层动脉瘤和胸腹主动脉疾病的介入治疗等前沿技术在国内和省内的应用。
南京市第一医院是一所三级甲等综合性医院，又是南京医科大学附属医院之一，同时还是南京医科大学第三临床医学院、南京市红十字第一医院。南京市心血管病研究所、南京市冠脉介入治疗中心、南京医学放射免疫检测中心、南京市临床检验中心和防盲中心、南京市眼库、影像诊断中心以及南京市急救中心城南急救站等均设在该院。