西藏自治区人民医院机构设置包括众多部门，涵盖了临床、医技以及职能和后勤等多个领域，总数超过50个。医院特别注重科研机构的建设，设有8个专门的科研平台。
在特色专科方面，医院的高山病及心血管病科、消化内科、神经外科、肿瘤科、骨外科享有较高声誉。此外，泌尿内科、血液科、免疫科、内分泌科、神经内科、呼吸内科、普外科、烧伤科、心胸外科、泌尿外科以及儿科（包括小儿科和新生儿科）也以其专业实力在全区独领风骚。妇产科、心理卫生科、口腔科、眼科、耳鼻喉科以及中医科、理疗康复科、针灸科和感染科等专业学科同样表现出色，处于领先地位。
影像科、病理科和检验科作为医院的重要支撑，为临床诊断和治疗提供了强有力的技术保障。总的来说，西藏自治区人民医院以其全面且专业的学科设置，为自治区的医疗服务做出了重要贡献。
西藏自治区人民医院自1952年成立以来，在自治区党委、政府的亲切关怀和高度重视下，在几代“区医院人”的不懈努力下，已发展成为具有浓郁高原特色的、全区规模最大的、专业门类齐全的综合性三级甲等医院。她是标志全区卫生事业蓬勃发展最具代表性的象征，为维护祖国统一、民族团结和西藏社会局势稳定发挥了积极的作用，得到了自治区党委和政府的表扬，受到了各族群众的赞誉，赢得了社会的信赖，被自治区领导誉为“高原一面红旗”。