辅酶Q10在人体主要有两个作用，一是在营养物质在线粒体内转化为能量的过程中起重要的作用；二是有明显的抗脂质过氧化作用。
1.辅酶Q10是人体细胞能量加工厂的重要成员
细胞若要正常工作，就必须要有源源不断的能量。人体通过饮食摄取大米，肉类，蔬菜等就可获得糖、氨基酸和脂肪等能提供能量的营养成分，然后，这些营养成分通过体内各种转运途径，进入细胞，在细胞中被称为能量加工厂的线粒体中转化，变成了可供人体细胞利用的物质成分：ATP（三磷酸腺苷），而细胞这个能源加工厂在制造ATP时，有一个重要的缓解就必须要有辅酶Q10的参与，如果没有辅酶Q10，细胞就无法产生能量。
2.辅酶Q10是体内自由基清除剂
正常情况下，人体内的自由基是处于动态平衡的，但若是体内自由基产生过多或消除过慢，自由基就会在分子水平、细胞水平及器官水平产生毒害作用，损伤细胞成分、破坏细胞的结构和功能，给机体造成损伤，这个过程称之为氧化应激作用，这些损害可以引起慢性疾病，也是导致人体衰老的主要原因。
而辅酶Q10能阻止脂和蛋白质的过氧化，清楚自由基，降低线粒体氧耗，减少细胞三磷酸腺苷消耗，维持细胞线粒体结构的完整性，防止细胞水肿，细胞膜破裂，以及线粒体溶解与肌纤维的紊乱性排列，辅酶Q10还能通过氧化还原型结构的变换，加强细胞内膜抵抗外界氧化因子的损害，是人体内唯一的一种天然存在的、又能在人体中再生的脂溶性抗氧化剂。
3.辅酶Q10是体内具有重要作用的辅酶
辅酶Q10是体内具有重要作用的辅酶，是生物细胞呼吸链中的重要递氢体， 参与氧化磷酸化及ATP的生成过程，调控细胞氧化还原环境。在呼吸链中辅酶Q10 是一个和蛋白质结合不紧密的辅酶，使它在黄素蛋白类和细胞色素之间能作为一种特殊灵活的载体而起作用；另外，其醌环中苯醌的羟基取代基使它倾向于极性，而结构中的聚异戊二烯侧链使它在疏水性环境中具有较低的自由能，能在线粒体内膜中迅速扩散。辅酶Q10从复合体I和复合体II接受氢，将质子释放至线粒体基质内，电子传递给细胞色素，通过这一过程促进氧化磷酸化及电子的主动转移，由此形成机体能量储存的主要物质ATP。
4.辅酶Q10是心脏的保护神
辅酶Q10在心肌中含量最高，是心肌细胞能量的催化剂，人的心脏每日跳动11.5万次，而辅酶Q1则是这部发动机的加油站，它能促进心肌细胞线粒体能量的制造和心肌细胞的新陈代谢增加，确保心肌能量源源不断，为心肌提供持久的动力支持。
现已经证明，几乎所有心脏病患者及某些非心血管疾病患者，其组织中均有内源性辅酶Q10缺乏，而给予外源性辅酶Q10可使患者临床症状明显改善。有报道称超过75%的心脏病患者在服用辅酶Q10后，病情显著改善。辅酶Q10能够激活细胞呼吸，可以为心肌细胞和脑细胞提供充充足的氧气和能量，使细胞保持良好健康的状态，因此能预防心脑血管事件发生。
5.辅酶Q10是神经细胞的保卫者
辅酶Q10是线粒体呼吸链重要组分之一。辅酶Q10作为线粒体内解偶联蛋白和多种脱氢酶的辅因子，是细胞外诱导神经酰胺依赖性凋亡通路的调节因子，神经酰胺主要产生于神经鞘磷脂循环通路，是细胞凋亡中常见的第二信使分子，缺乏辅酶Q10，神经元就会加速凋亡。辅酶Q10还是细胞内有效的抗氧化剂和自由基清除剂，能够对抗低密度脂蛋白的氧化，因此，辅酶Qo是保护神经元的重要成分。
6.辅酶Q10的保肝护肝解毒作用
辅酶Q10在肝脏中的含量也比较高，对肝也有很好的保护作用。由于肝内的一切生物化学反应都需要肝细胞内各种酶系统参加，辅酶Q10也是参与肝脏解毒的重要成员之一。肝损伤多数都是线粒体受损，辅酶Q10减少或缺失引起的，一些他汀类药物对肝的损伤可以导致肝脏辅酶Q10减少，在临床观察中，在应用这些药物治疗疾病时，，补充一定量的辅酶Q10可以减轻这些药物带来的不良反应，同时对这些药物的疗效没有明显的不良影响。