湖北后河国家级自然保护区管理机构为湖北五峰后河国家级自然保护区管理局，为湖北省林业局与宜昌市人民政府共同管理的全额拨款事业单位，是独立的法人单位。
下设机构有：办公室、财务科、资源保护和科研科、宣传教育科、森林公安分局、项目科（GEF办）、基建科、野生动物救护中心、科研所、管理站、实验林场等。 加强宣传教育与巡护检查
巡护工作人员利用一切机会对区内居民和进入保护区的人员进行自然资源保护、森林防火等方面知识的宣传，检查责任区内自然资源的保护情况，消除火灾隐患，制止侵害自然资源的事件发生。
依法保护，严格执法
保护区森林公安队伍在宣传和巡查的同时，发挥林业公安护林防火、保护野生动植物的职能，严厉打击破坏自然资源的违法犯罪活动。
明确管理目标
保护区制定了明确的保护管理目标，要求做到五无（即无火警火灾、无乱砍滥伐、无乱捕滥猎、无乱采滥挖、无毁林开荒)），年年制订阶段目标和考核办法。
分区分片管理、联合保护
根据保护区地处两省交界和区内自然状况和社会情况的特点将保护区进行了功能分区，并根据地形和历史沿革将保护区分成了4个管理区域，设置了保护点和哨卡，并在交通要塞设置了资源保护检查站1个。根据域内社区居民分散的特点与区内村委会共同发布了联合保护声明，并在各要道设立了暗哨12个，聘用当地居民参与保护，一有情况暗哨和居民中护林积极分子及时与专职巡护人员联系，及时处理各种事件。
此外，保护区还与湖南壶瓶山自然保护区不定期地召开联防工作会，共同设立了一个联防哨所，加强了毗邻保护区间的联合保护工作力度。
管护责任制
为落实资源保护工作，保护区下属保护管理站明确了管护责任；设置了5条固定巡护线路，12条临时巡护线路，14个哨所和护林点。巡护员定期对各线路进行巡护、检查。从而形成建立了较完备的管护体系，层层建立了责任制。 湖北后河国家级自然保护区分为核心区、实验区、缓冲区三个功能区，另外在实验区内还划有一个生态旅游小区。在核心区仅限于严格依法开展科学观测活动，实行绝对保护；在缓冲区主要开展科学研究活动；在实验区可从事各种科学实验、教学实习、参观考察以及驯化、繁殖野生动植物等活动；在生态旅游区主要开展生态旅游活动。
全区划分13个护林片，设立检查站、护林点、哨卡、了望台19个，建成巡护道路82公里和防火便道146公里。与湖南壶瓶山国家级自然保护区等相邻地区建立联防体系。
后河晋升为国家级自然保护区后，成立了后河自然保护区管理局，主要以保护管理为主，同时利用自然奇观发展旅游。 科研机构：保护区科研所。
科研监测工作：建立了五线六点四样地的监测体系，五线：茅坪-长坡线，顶坪-栗子坪线，界头-百溪河线，茅坪-老屋场，香党坪-老屋场；六点：习凉坪、康家坪、关门峡、老屋场、顶坪、邓家坪；四样地：王家坪大样地、珙桐原生地、微生物样地、鼠类活动监测样地。
联合科研活动：
从1980年开始，对保护区的资源进行了连续调查。
1989-1990年组织了科考，发现新种1个（湖北贯众）；新变种1个（湖北毛枝蕨）；新变型1个（五峰贯众），发现湖北省新记录种58个、大陆新记录科1个、湖北新记录属5个。
1989-1992年，委托华中师范大学对陆生脊椎动物进行了本底调查。
1991年，委托湖北大学对植物资源进行了调查，发现新种2个（后河龙眼独活、后河柳叶菜）。
1998年，保护区开展了生物资源补充调查并在1999年出版了《湖北后河自然保护区科学考察集》。
2012年，在保护区内发现了中国面积最大、最集中、保存最完好的原生水丝梨古树群落。 景区
保护区内共有3个景区、1个服务小镇，其中以田园风光为主的百溪河景区和以高山、户外运动为主的独岭景区尚处在开发之中，茅坪镇就是集中为游客提供吃住行一体化服务的土家风情小镇。
天门峡景区是后河生态旅游区的核心区域，拥有七个功能分区：峡谷奇石游览区、综合服务区、科研服务区、休闲体验区、动物野化区、度假养生区和薄刀岭游览区。
2014年4月23日，后河自然保护区正式开园。
