就像盖伊所说，与宗教的关系是启蒙运动的核心问题。和法国不同，德国的启蒙思想家并不都尖锐地批评基督教，启蒙与宗教的关系也并不是以往所认为的那样水火不容：“通过不断地把自己与基督教传统联系起来，启蒙获得了稳定性。
但是它的思想尖锐性丧失了——或至少是钝化了，而在欧洲的其他地区，这种尖锐性造就了革命行动性的启蒙运动。早期的启蒙思想家们不是作为反叛者，而是在文字和形象上作为学者出现的。”越来越多的研究表明，世俗化运动与其说是从外部注入宗教的，倒不如说是从宗教内部展开的。
恰如伊格尔顿所言：“虽然启蒙运动充斥着科学、本质、理性、进步和社会改造等观点，宗教却是最接近其核心、最易激起其敌意和道德恐慌的事物。”所谓启蒙运动反对宗教，首先是反对宗教的社会政治效果，其次是反对宗教的根基和论证以及信仰的垄断和封闭。启蒙运动并没有否定信仰，只是转移、调整了信仰。
卡西尔指出：“启蒙运动最强有力的精神力量不在于它摈弃信仰，而在于它宣告的新信仰形式，在于它包含的新宗教形式。”他提醒我们，万不可被启蒙运动表面上对宗教的反抗所迷惑，“看不出当时所有的理智问题都与宗教问题融合在一起，并且前者始终如一地从后者汲取最深刻的灵感”。问题的关键不在于信仰的有无，而在于信仰什么，以及信仰的性质、趋向和功用。
“德国启蒙哲学瓦解的不是宗教，而是宗教的先验基础和先验深度，并由此向其他的追求开放。”启蒙思想家并非都是无神论者，“大多数理性的狂热信徒依然保持着某种宗教信仰”。以至于伊格尔顿干脆断言，所谓启蒙运动完全激烈反对宗教，与启蒙运动总是积极评价人性的观点一样，都是虚构的。
事实上，早期启蒙运动对基督教的尖锐批判从来是以继承基督教的线性时间观、普遍历史观念，以及改造提升“千年王国”论为基本前提的，直到尼采那里才有所改变。
换言之，在由启蒙理性主导的世俗化进程中仍蕴含着宗教的因素。克尔凯郭尔对此颇为认同。他指出，尽管表面上宗教与政治的出发点和落脚点都不一样，但其实宗教的主张与世俗的至高追求是一致的，宗教的神性天国是人们向往的绝顶美梦。
克尔凯郭尔看到了基督教理念在历史、社会、政治中的贯彻与施行，却对这种贯彻与施行持质疑态度。以平等为例，他强调无论是世俗还是宗教都以平等为价值旨趣，但是世俗永远不会实现完全的平等，因为其本身就包含种种差别，且以不平等为触发条件；而如果世俗实现了完全的平等，那也只能是在其遭到毁灭后，循着宗教之道才能达至的真正的、本质的、唯一的平等。