建安五年（200年），诸葛瑾因中原战乱而避乱江东。孙权的姊婿曲阿弘咨遇见诸葛瑾，对其才华感到惊奇，向孙权推荐，与鲁肃等一起为宾待，诸葛瑾与步骘、严关系亲密，曾经一起游历吴中各地，三人逐渐声名显赫，齐名被称为当世的英杰俊才，其后又担任过海盐县长。后为孙权长史，转中司马。
建安二十年（215年），孙权遣诸葛瑾使蜀通好刘备，与其弟诸葛亮在公馆见面，未谈私事。最后双方以分界结束。
诸葛瑾同孙权无论谈话、劝谏，从不急迫直言，只是稍微表示出自己的倾向，大略道出自己的意图，点到为止。如有与孙权心意不合时，他便放弃正在进行的内容而转向其他的话题，渐渐地再借其他事情从头开始，以对同类事情的看法求得孙权的赞同，于是孙权的思想也往往得到开通。吴郡太守朱治，是举荐孙权为孝廉的将领，孙权曾对他有怨望的地方，只因平时对他很敬重，难于亲自启齿责备他，故而心内忿怨无法排解。诸葛瑾揣摩到其中的缘故，又不敢公开明白地说出口。于是自求用孙权的意思来自问，这样他就在孙权面前写信，广泛地阐明事物的常理，借题用自己的思想迂回地推测分析孙权的内心活动。写完后，他将信呈交孙权，孙权看后很高兴，笑着说：“我的疙瘩让你给解开了。颜渊之德，是要人更为亲爱，难道就是这个意思吧！”孙权又责备过校尉殷模，所定罪名令人难料。很多大臣为殷模求情，孙权更加愤怒，与求情人们反复论争，只有诸葛瑾默不作声。孙权说：“子瑜怎么不说话？”诸葛瑾离开座席说：“臣下与殷模等因遭受故土沦陷，生灵灭绝。离弃祖坟，携老带幼，披荆斩棘，前来归顺圣明的教化，在流亡 *** 中，蒙主公生身养命之福，不能自我互相督责砥砺，以报答万分之一的恩德，致使殷模辜负圣上的恩惠，自我陷入罪恶之中。为臣认罪尚来不及，确实不敢说什么。”孙权听后很为伤感，于是说：“我特为您而赦免他。”
建安二十四年（219年），跟从吕蒙讨关羽，封宣城侯，以绥南将军代吕蒙领南郡太守，驻守公安。
黄初二年（221年），刘备东伐吴，孙权求和，诸葛瑾给刘备写信道：“陛下老远来至白帝，恐怕是因为吴王侵取荆州，危害关羽，怨念颇深。不应该讲和，您这是小人物之心，不肯着眼于大处。我试着为陛下论其轻重和其大小。陛下若抑威损忿，可以马上决定下来，不用再咨询各位将领。陛下和关羽之亲密和诸汉先帝如何相比？荆州大小与海内各州又如何相比？这些仇恨，谁当先后？如果仔细思考，不是很简单的事吗。”当时有人说诸葛瑾在与刘备互通信息，权曰：“我与子瑜有死生不易之誓，子瑜不辜负我，就像我不会辜负子瑜一样。”弹劾诸葛瑾的人很多，陆逊给孙权写信并向他力保诸葛瑾。孙权又说：“我和子瑜是‘神交’，外人是无法离间我们的。”并将书信全部交给诸葛瑾。
黄初三年（222年），孙权受封吴王，封诸葛瑾左将军、督公安，假节，封宛陵侯。同年曹真、夏侯尚等围朱然于江陵，诸葛瑾派兵救援，渡江时被夏侯尚火烧船只，水陆同时进攻所击退。潘璋未知前来救援，而魏兵日渡不绝，并说：“魏势始盛，江水又浅，未可与战。”便将所领，到魏上流五十里，伐苇数百万束，缚作大筏，欲顺流放火，烧败浮桥。作筏适毕，伺水长当下，夏侯尚、曹真等退走；虽无大功，也用保全师顺利入境为功。
虞翻因为狂放直率而被流放，只有诸葛瑾多次替他说情。虞翻在给亲友的信中说：“诸葛瑾敦仁厚义，效法上天救活生灵，近来承蒙他仗义执言，为我保全名分，无奈我积怨过多犯罪过深，深为陛下所忌恨，虽有祁奚之类的人相救，而我却无羊舌氏那样的德行，解救是没有什么希望了。”诸葛瑾为人雍容大度善思，当时的人们都佩服他的弘缓雍雅。孙权也对他甚为看重，每有大事就要征询他的意见。
黄武五年（226年），孙权得知魏文帝去世后，于八月出兵攻魏。命吴左将军诸葛瑾部兵分两路进攻襄阳，亲自率军进攻江夏郡（治安陆，今湖北云梦西南）。孙权一路为魏军所败，遂撤兵而走。而诸葛瑾则被司马懿击败，并斩杀吴将张霸，斩首千余级。十二月，升任骠骑将军。
黄龙元年（229年），孙权称帝，封诸葛瑾为大将军、左都护，领豫州牧。
嘉禾五年（236年），孙权北征，派右都督陆逊与中司马诸葛瑾攻襄阳。陆逊派亲戚韩扁怀揣奏疏上报朝廷，返回途中，在途中遇到魏军，魏军抓获了韩扁。诸葛瑾听后，十分恐慌，写信给陆逊说：“大驾已还，敌人得到韩扁，将我们的虚实全部打听清楚了。而且河水快干了，最好是赶快离去。”陆逊接报后并未作答复，却催促人种葑豆（一种蔬菜），与众将领下棋射箭游戏，一如平常。
诸葛瑾知道后说：“陆伯言足智多谋，他这样做一定自有考虑。” 于是亲自来见陆逊。陆逊说：“魏军知道大驾已还，再不用为此筹谋，便专心对付我们。如今魏军已经守卫了要害之处，兵将已经出动，我们自己应当首先镇定自如以稳住部队，然后再巧施计谋，退出此地。如果今天就向魏军表明我们要走，魏军会以为我们害怕了，必然会来威逼我们，那就是必败之势了。” 于是二人秘密定计，令诸葛瑾坐镇舟船，陆逊率领全部兵马向襄阳进发。魏军素来忌惮陆逊，见陆逊要攻襄阳，立即退回城中。诸葛瑾便引船而出，陆逊慢慢整顿好队伍，大张旗鼓地走上船。魏军不知究竟，反而不敢追击，于是陆逊全军安然退出。嘉禾七年（238年），弄政大臣吕壹遭处死。先前，诸葛瑾、吕岱、朱然、步骘以自己为武官，未有干涉吕壹一事，吕壹死后，孙权派遣中书郎袁礼斥责四人，指自己与四人恩犹骨肉，荣福喜戚，相与共之，自己政治上出错，理应上奏劝告，不应置身事外。
赤乌四年（241年） 四月，孙权分兵四路攻魏：卫将军全琮率军数万出淮南决芍陂（今安徽寿县南）之水，威北将军诸葛恪攻六安（今安徽六安东北），前将军朱然攻樊城（今湖北襄阳），大将军诸葛瑾攻祖中（今湖北南漳蛮河流域）。 五月，全琮入侵芍陂，朱然、孙伦围攻樊城， 诸葛瑾 、步骘侵掠贾校司马懿自请出兵往讨。
同年，诸葛瑾去世，享年68岁，死前嘱咐买棺服，办丧事要简约。
孙权：“子瑜与孤从事积年，恩如骨肉，深相明究，其为人非道不行，非义不言。”“孤与子瑜，可谓神交，非外言所间也。”孤与子瑜有死生不易之誓，子瑜之不负孤，犹孤之不负子瑜也。“
虞翻：“诸葛敦仁，则天活物，比蒙清论，有以保分。”
孙登：“诸葛瑾、步骘、朱然、全琮、朱据、吕岱、吾粲、阚泽、严、张承、孙怡忠于为国，通达治体。”
陈寿：“诸葛瑾、步骘并以德度规检见器当世。”
陈寿：“瑾为人有容貌思度，于时服其弘雅。”
傅玄：“有张子布以为腹心，有陆议、诸葛瑾、步骘以为股肱，有吕范、朱然以为爪牙，分任授职，乘间伺隙，兵不妄动，故战少败而江南安。”
周昭：“急论议则伤人，争名势则败友，重朋党则蔽主，务欲速则失德，此四者不除，未有能全也。当世君子能不然者，亦比有之，岂独古人乎！然论其绝异，未若顾豫章、诸葛使君、步丞相、严卫尉、张奋威之为美也。“
陆机：“风雅则诸葛瑾、张承、步骘以声名光国。”
袁宏：“子瑜都长，体性纯懿。谏而不犯，正而不毅。将命公庭，退忘私位。岂无n_，固慎名器。”
《吴书》：“初，瑾为大将军，而弟亮为蜀丞相，二子恪、融皆典戎马，督领将帅，族弟诞又显名于魏，一门三方为冠盖，天下荣之。谨才略虽不及弟，而德行尤纯。妻死不改娶，有所爱妾，生子不举，其笃慎皆如此。”
《世说新语》：“（诸葛兄弟三人）并有盛名，各在一国。于时以为‘蜀得其龙（诸葛亮），吴得其虎（诸葛瑾），魏得其狗（诸葛诞）。”
郝经：“诸葛瑾才猷蕴借，颛面上将以功名终，亦其次也。”“侃侃相臣，济威以仁。震霆收声，泽国生春。元叹远龋沉深穆R。澄渊不波，龙盘蛟转。子山纯懿，子瑜共肃。赞元将命，共安坤轴。”
余嘉锡：“诸葛三君，功名鼎盛，彪炳人寰，继以瞻、恪、靓，皆有重名。故渡江之初，犹以王、葛并称。”
黎东方：“没有周瑜、鲁肃，便不会有建安十三年（208年）的赤壁之战，没有诸葛瑾，也不会有V亭之役以后的吴、蜀言归于好。”
诸葛瑾墓在常州市郊北港乡连江桥下塘。墓为土墩，占地约五亩。高4-5米，墓前原分左右两墩，一为印墩，一为剑墩，清道光年间，曾在墩下锄得篆文"诸葛子瑜之墓"小玉碑，出土汉代玉锁、玉猪及铜镜、陶瓷器皿等。今墓已不存，土地为北港砖瓦厂使用。
诸葛丰，汉元帝时任司隶校尉，他以执法严格、性情刚直见称。
诸葛圭，诸葛瑾父亲。东汉末年为泰山郡丞。于诸葛亮幼年已死。
诸葛玄，诸葛瑾从父。本为豫章太守，后投靠刘表，照顾诸葛亮和诸葛均。
诸葛亮，诸葛瑾之弟。蜀汉丞相，兄弟二人于公事上都不带亲属感情。
诸葛均，诸葛瑾之弟。在蜀汉官至长水校尉。
诸葛瑾有两位妹妹，一位嫁给庞山民，一位嫁给襄阳望族蒯氏。
诸葛诞，诸葛瑾堂弟，三国时曹魏大臣和重要将领，官至征东大将军，后在寿春发动叛乱反抗司马昭，兵败被杀。
诸葛恪，诸葛瑾长子，三国时孙吴权臣，后被诛。
诸葛乔，诸葛瑾次子，后成为诸葛亮养子。官至翊武将军，早逝。
诸葛融，诸葛瑾三子，在父兄中特别奢侈，诸葛恪被诛后饮药而死。
诸葛氏，诸葛瑾之女，后成为其好友张承续弦妻子，生张震，张妃（嫁孙和）张氏（嫁陆抗）。
诸葛绰
诸葛竦
诸葛建
诸葛攀，诸葛乔之子。诸葛恪被杀后东吴诸葛瑾后裔已灭绝，便恢复诸葛瑾之后。
诸葛显，诸葛攀回吴后，仍然留在蜀国。蜀亡后与诸葛京一同被迁到河东郡定居，成为诸葛瑾一脉唯一传人。