2010年5月31日凌晨2时左右，以色列精锐部队——海军第13突击队搭乘直升机，用绳索空降至国际救援船队中的土耳其“马马拉”号船，这是这个船队中最大的一艘，也是该船队的指挥舰。 半岛电视台从现场发回的报道称，以色列海军向船只开火，并强行登船，打伤了该船船长；半岛台的报道最后在希伯来语“所有人都闭嘴！”中中断。
一家土耳其网站公布了以军登船时混乱场面的视频，随着以军士兵强行空降至甲板上，船上身穿橙色救生服的人员与以军士兵发生肢体冲突，随后，以军开枪射击，船上人员四处奔散，还有人则抢救甲板上一名昏迷不醒的同伴。
在船上通讯被切断前，船上人员说的最后一句话是：“他们正在用绳索登船，我们被抓起来了。”半岛电视台一名记者事发时在这艘船上。这名记者说，志愿者打出白旗，他们没有朝以军发射实弹。 以色列军方说，海军对这6艘船的拦截行动遭到抵抗，“根据初步调查报告，事件导致超过10名志愿者死亡。”
活动主要发起者、土耳其慈善机构IHH表示，15名志愿者死亡，大部分是土耳其人。以色列“第10频道”报道，19名志愿者死亡。
IHH说，事件发生在距离以色列海岸大约120公里的公海海域，以色列的做法违反国际法。
以色列目前控制了全部6艘船，将船队拦截在距离加沙地带100多公里的国际水域，切断了船队与外界联系的通道。 本报讯 以色列军方表示，船上的物资将被没收，在进行检查后，将由以方通过陆路移交给加沙地带。船上的外国人员将被送回本国，不愿被驱逐回国的人则将被收押。
未来几天，还会有几艘船准备驶向加沙。组织者称，他们不会被以色列的暴力行动所吓倒。
这次向加沙运送救援物资的行动是由声援巴勒斯坦人、反对以色列封锁加沙地带的国际和平组织“自由加沙运动”发起的，其目的在于唤起国际社会关注以色列对加沙地带长达3年的封锁。
这次救援船队共有6艘船，其中3艘是客船，3艘是货船。货船上共有大约1万吨医疗用品、建筑材料、帐篷、食品等人道救援物资。船上人员来自欧洲和阿拉伯各国，总计大约750人，其中包括1976年诺贝尔和平奖得主、英国人梅里德·科里根、数名欧洲议会议员及一名纳粹屠杀幸存者。
这是自2008年8月以来，“自由加沙运动”第九次试图向加沙运送人道救援物资，也是规模最大的一次。以色列曾5次放行该船队进入加沙，但自去年1月以军对加沙哈马斯发动为期三周的军事攻势之后，以色列就不再允许向加沙输送物资。 这场冲突将以色列对加沙地带的封锁问题摆在了国际社会面前。2007年6月，哈马斯夺取了加沙地带的控制权后，以色列和埃及开始对加沙进行封锁。以色列称，封锁是为了防止哈马斯走私武器，但联合国和国际救援组织都认为，封锁未能削弱哈马斯，却摧毁了加沙当地经济。但以色列否认加沙存在人道危机，称食物和医疗设备都可进入加沙。
根据以色列的说法，此次救援船队的救援物资中有禁止输入加沙的水泥等建筑材料。以色列认为水泥可被哈马斯用来构筑军事设施。以色列称组织者IHH支持“极端组织”，包括哈马斯。
以色列政府对伤亡表示遗憾，但同时表示，以军遭到船上人员用匕首和铁棍发起的袭击，一名士兵的步枪被抢走；根据以军交火规则，在生命受到威胁的情况下，士兵可以开枪。
以色列副外长阿亚隆事后说，这是一次“有预谋”的“挑衅”，组织者与“基地”组织和哈马斯有联系；如果允许船队通过，将为加沙开辟一条武器走私的“走廊”。 这个国际救援船队自5月29日从塞浦路斯出发以来就麻烦不断。行动组织者出发前就指责以色列特工干扰船队卫星信号和其他航海定位所必需的通讯设备，两次导致船队行程延误。
组织者之一的胡瓦达·阿拉夫5月30日曾表示，整个救援船队“为应对可能发生的各种不同情况做好了充分准备”，他们希望以色列当局不要做错事，不要拦截船队。
以色列则一直公开表示，将对驶向加沙的船只进行拦截。以方提出救援船队驶向以色列港口，在那里卸下物资后，经过以色列检查，再通过陆路移交给加沙，但救援船队拒绝了以色列的要求。
5月30日黄昏，以色列派出3艘军舰展开海上拦截行动，通过无线电与船队取得了联系，警告加沙海域是军事封锁区，任何企图靠近的人员都要后果自负。
5月30日晚，救援船队一度改变航向，以避免与以军军舰对峙。有报道称，船队人员清楚以军将进行拦截，但不希望拦截在夜幕下进行，而是希望拦截行动可以在白天进行，从而被更多人看到。
