甘孜州水务局为了有效履行其职责，内部设有六个专门的部门，如下：
办公室: 协调机关日常政务，包括文秘、保密、档案管理、信访、绩效考核、综治维稳等工作。负责机关财务和人事管理，处理人大、政协提案，以及会务接待和后勤保障。此外，还负责机构编制、规章制度建设、水务行业教育培训等事务，以及水利体制改革和队伍建设工作。
规划财务科: 制定水务行业发展战略和规划，编制水利项目建议书和可行性报告，管理财务和专项经费，监督水利建设资金，监管直属单位财务，并负责预算编制和行业统计。
水政水资源科（甘孜州节约用水办公室、行政审批科）: 制定地方性法规，指导水政监察、行政许可和水资源管理，负责水资源取水许可、论证及调度，负责水源保护、饮用水安全和河湖治理。
建设与管理科: 审核水利工程设计，监督水利建设市场，负责水利工程的安全监管，指导水电站大坝安全和工程质量。
水利科（甘孜州水土保持办公室）: 制定水利工程技术规程，指导农田水利建设和社会化服务，负责供水设施运行管理和水土保持防治。
供排水科: 负责城乡供水、排水、污水处理和再生水利用的行业管理，包括许可、设施建设和管网维护，以及供水价格的核算论证。