差别存款准备金率制度主要缺陷显著，具体表现如下：
首先，制度设计不合理，未充分体现出惩罚性原则。按照此制度多缴存的存款准备金，央行支付利息的年利率仅为1.89%，而当时银行间市场加权平均利率和债券回购加权平均利率已达到2.2%，略高于存款准备金支付利率。然而，自制度实施以来，这些市场利率长期低于1.89%。因此，银行缴纳的惩罚性准备金所获得的利息收入通常高于其使用多余资金进行货币市场业务的投资收益，导致人民银行实施差别存款准备金率制度的限制和惩罚功能未能有效发挥。
其次，执行差别存款准备金率的金融机构信息保密程度较高，影响了利益相关者的监督和制约作用。出于维护金融稳定的考虑，央行对执行此制度的金融机构采取高度保密策略，导致股东、存款人、借款人以及银行同业等利益相关者无法全面了解相关信息。这使得商业银行的经营状况和风险程度无法充分向市场传递，外部压力明显减小。
第三，存款准备金率上调幅度过小，无法对执行对象施加足够的经营压力。由于上调幅度仅为0.5个百分点，商业银行被冻结的流动资金在贷款规模中所占比例较小。此外，在低利率环境下，银行可以通过同业存放增加资金来源，部分银行的同业存放资金余额远超多缴存人民银行的资金，从而完全释放了政策带来的经营压力。
第四，差别存款准备金率制度采用一次性操作原则，缺乏后续惩罚机制。虽然提高存款准备金率可以迅速减少金融机构的流动性，但一次性操作导致被实施金融机构可能无意或无力改善其风险状况，使得差别存款准备金率政策的效应难以显现。在这种情况下，人民银行缺乏后续惩罚措施，难以采取有效行动。
最后，差别存款准备金率制度与资本充足监管功能存在重叠，需要加强协调配合。此制度旨在通过市场机制激发金融机构提高自身治理结构的积极性，使其逐步达到资本充足率要求，同时调控货币供应总量并降低金融系统风险。然而，其功能与银监会的资本充足监管部分重叠，不利于各自优势的发挥，影响了效率提升，增加了调控成本。因此，金融监管机构需加强合作，形成监管合力，以促进金融业的健康发展。
所谓差别准备金率制度，是指对金融机构存款准备金率与其资本充足率、资产质量状况等指标挂钩。实行差别存款准备金率制度可以制约资本充足率不足且资产质量不高的金融机构的贷款扩张。中国人民银行于1984年开始专门行使中央银行职能时，即建立了存款准备金制度。近年来，对资本充足率低于一定水平的金融机构，央行对其存款准备金率曾多次差别调整。