1990年代，第1空挺团的编制有本部中队、管理中队、普通科群（步兵群）、特科大队（炮兵营）、反装甲队、工程兵队、卫生队、降落伞整备中队，总人数约为1200名。
基于反恐作战的需求，第1空挺团于2004年开始采用新的编制，其编制由团本部、本部中队、3个普通科大队（步兵营）、特科大队（炮兵营）、工程兵中队、通信中队、后方支援队、空降教育队所构成。 第1空挺团除进行正规军事与突击作战外，也拥有一些特战编组，以执行一般部队无法完成的特种任务。一个特战小队由2名军官与10位士官组成。
第1空挺团的普通科大队内，编制有一个特种侦察排（Special Reconnaissance platoon），由数个特种侦察班组成。特种侦察排的任务是渗透至敌后，侦察并提供战场指挥官所需的情报，如地形、水文、敌军武力、企图、战略/战术的后勤整备等，这类战略/战术性的侦察行动，可提供目标辨认、区域分析、反击成效评估。
反恐特战中队是在 2004年第1空挺团成立了一支反恐特战中队，依其训练与专长分为2个小队：一个精通空降、山地、操舟作战，另一个则精通行军（含欺骗、埋伏、伪装、突击）与城镇攻坚作战。每个小队均分别拥有狙击手与突击队员。其中狙击手的射击训练，要求其能精准命中射程至少600m处的目标；而突击小组的编制则会因每次任务的不同而有所差异，大部分以5人为一队，每位都是精于爆破、越障、射击与格斗的队员。反恐特战中队经常与美、法等国的特种部队或特警单位保持在训练及经验上的交流与联系。反恐特战中队负责与日本警方共同严密监控日本国内恐怖分子的一举一动。 基本降落训练（5周） 内容有体能运动、跳伞基本动作、高跳塔训练、降下塔训练及5次基本跳伞。
进入基本降落课程后，并不是马上接受跳塔与跳伞训练，而是跳伞基础技术课程：最初在地面学习基本动作——5点着地训练；接着从高约30cm的木制台上跳下来做5点着地训练；然后在1.5m的高度进行悬吊着地训练。
之后，再接受高跳塔训练。高跳塔设置高度离地约10～11m，这是人类最惧怕的高度，其训练目的在于熟悉从飞机上跳出时的要领及降落的感觉。接着是降下塔训练：降下塔以钢索拴住降落伞，连同学员一起拉至约85m的高度，接着释放降落伞，以最贴近真实的方式模拟实际的跳伞降落过程，并使学员克服对高度的恐惧。
降落训练结束后，就进入实际的5次基本跳伞课程，学员自日本航空自卫队人间基地搭乘C-130H或C-l运输机出发，抵达目标区时从飞行高度340m的运输机跳出，以实施真正的跳伞训练。在5次跳伞训练中，有3次日间跳伞、1次夜间跳伞及1次水上跳伞。在完成5次跳伞之后，学员将获得长官授予的伞徽，正式成为日本陆上自卫队的伞兵，并被编至第1空挺团。伞训结束并不代表跳伞 的机会变少了，往后每位伞兵每个月还会有2次基本跳伞训练。
降落指挥训练（5周） 这是专门针对干部（军官和士官）开设的一项必要训练，包括：跳伞前后及机内指挥要领；装备、车辆、迫击炮、口粮等物品的捆包；日、夜间及不良天气下的空投要领等。受训军（士）官分5周训练以取得相关资格。
空降突击训练（军官9周、士兵7周） 这是所有官兵都要接受的训练。
空降突击训练包括：地图判读、空降突击训练包括：地图判读、指北针使用、野外求生、敌后破坏、通信、爆破技巧、诡雷制作与铺设、伪装等。接着受训队员进入长野县的深山中进行为期4周的假想状况突击训练，包括：侦搜行动、隧道与桥梁爆破、重要人质解救、空降指挥与诱导、敌军燃料集合场袭击、突击敌军车辆、突击敌军雷达基地（或阵地）、河岸舟艇突击、突击敌空军基地等。这种突击训练，让受训队员依循假想状况进行埋伏、突击、破坏、撤离，整个训练中，行动距离远、时间长，任务内容高度复杂化，教官与学员在这一过程中，其睡眠、休息与粮食都受到严苛的限制，学员在精神与体力方面的支出均达到极限。
自由降落训练（6周） 分为：高高度跳伞低高度开伞（HALO）与高高度跳伞高高度开伞（HAHO）2种方式。要参加此进阶跳伞训练，所应具备的条件为航空生理检查合格，且基本跳伞次数20次以上。合乎此条件的军官、士兵皆可自愿参加。
