药物治疗是肺结核治疗的基础，关键在于选择正确的药物、设计合理的化疗方案并遵循科学原则。抗结核药物有11种，包括异烟肼、链霉素等，耐药结核病患者需根据药物敏感性分为5组，以制定针对性治疗方案。治疗对象包括初治、复治和耐药/耐多药肺结核患者。
化疗方案制定需考虑病人的既往治疗、排菌情况、耐药性等因素，分为强化治疗和巩固治疗两个阶段。强化治疗通常使用3-4种药物，如2HRZS(E)/4HR，目的是快速杀灭菌群；巩固治疗则使用2-3种药物，如2HRZ/4HR，持续巩固疗效。
具体化疗方案根据不同类型的结核病而定，如初治菌阳肺结核可采用2HRZS/4HR到2H3R3Z3S3(E3)/4H3R3等方案，复治菌阳肺结核则有2HRZES/6HRE等。耐药结核病治疗则需根据药敏试验结果选择敏感药物，方案可能涉及多种药物组合，如2REZ/7RE或3THOEZAK(SM/KM/CPM)/18THOE(P)。
在治疗过程中，可能需要根据病情变化调整疗程或加入辅助治疗，如免疫疗法。外科手术在某些特定情况下，如药物治疗无效的厚壁空洞或结核脓胸等，可能是必要的手段。
继发性肺结核为Ⅲ型肺结核，包含 1978 年肺结核五型分类中的浸润型肺结核和慢性纤维空洞型肺结核两种肺结核病。结核分枝杆菌（下简称结核菌）初次感染后（多在儿童时期）体内潜伏病灶中的结核分枝杆菌重新繁殖，引起的病灶复燃为主要发病原因（称内源性复发）。也可再次由感染外界结核分枝杆菌而发病（称外源性重染）。本型可以发生在原发感染后任何年龄，以成人多见，是成人肺结核的最常见类型。